D3961动车途经的站点一共有27个。
D3961次动车是一班跨越三个省份的列车，它经过的省份分别是湖南省、广西省和云南省，全程的行驶距离为1786公里，整趟旅途花费的时间大约为13小时22分钟，一共经过了27个站点。
关于D3961次动车经过的站点，它们分别是衡阳东站、祁东站、祁阳站、永州站、东安东站、全州南站、兴安北站、桂林北站、永福南站、柳州站、来宾北站、宾阳站、南宁东站、南宁站、隆安东站、田东北站、百色站、富宁站、广南县站、普者黑站、弥勒站、昆明南站、昆明站、禄丰南站、楚雄站、南华站、祥云站和大理站。
D3961动车的车票购买事宜
D3961动车是一班行驶距离非常远、行驶时间超过十三小时的“超远距离列车”，其座位类型一共分为六种，它们分别是硬座、软座、硬卧、软卧、二等座和一等座，它们的票价都要比其他的“短距离列车”贵。
不过，D3961动车的车票虽然很贵，但它的车票售卖情况却非常地不错，有很多想去广西和云南旅游的人都会选择这趟列车来做自己的旅行交通工具。
驾车路线：全程约699.7公里
起点：富宁县
1.文山壮族苗族自治州内驾车方案
1) 从起点向正东方向出发，沿普厅南路行驶250米，右转进入富州路
2) 沿富州路行驶130米，过彩虹桥，调头进入富州路
3) 沿富州路行驶390米，过彩虹桥，左转进入迎宾路
4) 沿迎宾路行驶180米，直行进入迎宾路
5) 沿迎宾路行驶190米，在第2个出口，直行进入迎宾路
6) 沿迎宾路行驶770米，右转
7) 行驶900米，朝百色方向，稍向右转上匝道
2.沿匝道行驶480米，直行进入广昆高速
3.沿广昆高速行驶247.7公里，稍向右转上匝道
4.沿匝道行驶1.2公里，直行进入武平高速
5.沿武平高速行驶197.1公里，稍向右转进入桂来高速
6.沿桂来高速行驶89.3公里，直行进入苍硕高速
7.沿苍硕高速行驶144.5公里，直行上匝道
8.沿匝道行驶870米，右前方转弯进入包茂高速
9.梧州市内驾车方案
1) 沿包茂高速行驶10.1公里，在苍梧/藤县出口，稍向右转上匝道
2) 沿匝道行驶720米，直行
3) 行驶320米，朝苍梧方向，右转进入S304
4) 沿S304行驶230米，直行进入盘龙坳隧道
5) 沿盘龙坳隧道行驶570米，直行进入S304
6) 沿S304行驶2.8公里，右转
7) 行驶720米，左后方转弯
8) 行驶150米，左转
9) 行驶20米，到达终点(在道路右侧)
终点：高铁梧州南站
