武冈城铁日常每日开行8对动车，周末节假日加开2对动车，间隔时长1至2小时，从武汉站出发终到黄冈东站，各车次均以“C”字开头。
从2014年8月1日开始，武冈城际铁路将实行最新旅客列车时刻表。从武汉到黄冈最早一班车C5601于6:40从武汉站发车，7:21到达黄冈东站，最晚一班车C5619于19:15发车，20:02到达黄冈东站；从黄冈到武汉的最早一班车C5602于7:36从黄冈东站发车，8:17分钟到达武汉站，最晚一班车C5620于20:17发车，20:58到达武汉站。周末和节假日高峰期将开行预备线。
最新运行图 从2015年5月20日起，武冈城际新增4.5对列车：1）武汉—黄冈东 C5621/2次 1对；2）黄冈东—利川 D5912/3（D5914/1）次 经由武冈城际、汉宜、宜万线运行 1对；3）武汉—黄冈东 C5623次 0.5对；4）黄冈东—襄阳 D5238/5（D5240/39）次 1对；4）黄冈东（武汉）—襄阳 D5236/7（D5218/5）次 经由武冈城际、汉丹线运行 1对。首次延伸开行至襄阳、宜昌和利川，为沿线旅客提供更多的便利 。
到站不同，票价也稍有不同：
车次:C5601
发站:武汉(06:34)
到站:黄冈东(07:05)
历时:00:31
二等:22
一等:26
车次:C5621
发站:武汉(07:03)
到站:黄冈(07:29)
历时:00:26
二等:20
一等:24
车次:C5605
发站:武汉(09:30)
到站:黄冈西(10:15)
历时:00:45
二等:18
一等:22
车次:D5911A
发站:武汉(19:53)
到站:黄冈(20:25)
历时:00:32
二等:20
一等:24
