您好！
很想帮您解答问题但您提供的信息并不足够。
一般来说，雅加达飞厦门需要5.5-6.5小时（取决于季节和不同的航空公司的航线），如果知道您的航班号就很好确定了。
另外，如果到了厦门继续再去南京，行李是否要托运？我觉得您的意思是到了厦门是否要先取出行李再办下一程航班并托运，这个也取决于您的两程机票是否属于同一航空公司，如果都是厦门航空，一般都是从厦门办理入境并取出行李再办下一程登机牌并托运。其他航空公司不一定。
这样问题，请提供航空公司名称以方便提供更准确的回答，谢谢。
北京—厦门—雅加达的航班
每周二、五有航班，具体时间为16：00从北京起飞，18：30到达厦门，19：30再从厦门起飞，5个小时后抵达印尼的雅加达
单程特价：1500 往返特价：2400
广州直飞 印度尼西亚 雅加达 往返3-30天含税机票(印度尼西亚鹰航空+免费行李+返程可选+可定单程）
特价机票
服务二次确认
费用说明
费用说明
购买须知
大交通信息
起降时间均为当地时间，航班信息仅供参考，最终请以商家确认为准！
去
第1天
广州 雅加达
印度尼西亚鹰航空GA899
15:45
白云机场
20:10
苏加诺-哈达机场
返
第3天
巴厘岛 广州
印度尼西亚鹰航空GA896
17:55
努拉莱伊机场
23:20
白云机场
第3天
雅加达 广州
印度尼西亚鹰航空GA898
08:30
苏加诺-哈达机场
14:45
白云机场
费用说明
费用包含
大交通
1.飞机：[中国-广东-广州]至[印度尼西亚-爪哇岛-雅加达]往返经济舱机票（直飞航班）
2.免费行李托运1件，每件30KG；手提1件，每件7KG
3.燃油附加费（以实际收费标准为准，如遇政府或航空公司政策性调整燃油税费，在未出票的情况下将进行多退少补）
4.机场建设费
费用不含
说明
1.因交通延阻、罢工、天气、飞机、机器故障、航班取消或更改时间等不可抗力原因所导致的额外费用
2.出入境个人物品海关征税，超重行李的托运费、保管费
3.一切个人消费及费用包含中未提及的任何费用
其他
1.不含 酒店住宿费用。
2.不含签证：此产品不含签证费用，您需自行办理。
3.不含接送机：当地机场至酒店往返费用。
4.不含旅游人身意外保险。建议购买旅游人身意外保险。
购买须知
取消政策
不可退
此商品为二次确认商品，商家确认前可随时退，商家确认后按照下列规则退改。
此产品一经供应商确认可安排之后，不可退改，敬请谅解
