可以在全国范围内任一公安出入境管理机构或者自助签注机上办理。2018年9月1日起，内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换(补)发普通护照往来港澳通行证、往来台湾通行证可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注。
2019年4月1日起，中华人民共和国往来港澳通行证，实行全国通办。申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
《中华人民共和国公民出境入境管理法》
第一条为保障中国公民出入中国国境的正当权利和利益，促进国际交往，特制定本法。
第二条中国公民凭国务院主管机关及其授权的机关签发的有效护照或者其他有效证件出境、入境，无需办理签证。
第三条中国公民出境、入境，从对外开放的或者指定的口岸通行，接受边防检查机关的检查。
第四条中国公民出境后，不得有危害祖国安全、荣誉和利益的行为。
法律分析：港澳通行证应当在公民所在地公安局的出入境管理处或者户口所在地的分局出入境管理科进行办理。办理时要提供本人居民户口簿及复印件、居民身份证及复印件、一张小2寸半身免冠数码照片（除了照片之外其他都需要先准备好复印件）。需要注意的是，首次办理港澳通行证的必须由本人亲自办理，办理之后两周左右可以领取证件。
法律依据：《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》
第九条 内地公民因私事申请前往香港、澳门，须回答有关的询问并履行下列手续：（一）交验户口簿或者其他户籍证明；（二）填写申请表；（三）提交所在工作单位对申请人前往香港、澳门的意见；（四）提交与申请事由相应的证明。
第十条 本办法第九条第四项所称的证明是指：（一）夫妻团聚，须提交合法婚姻证明，以及配偶在香港、澳门有永久居住资格的证明；（二）去香港、澳门照顾年老体弱父母或者无依无靠的老人、儿童投靠香港、澳门亲属，须提交与香港、澳门亲属关系及其在香港、澳门有永久居住资格的证明；（三）继承或者处理产业，须提交产业状况和合法继承权的证明；（四）探望在香港、澳门亲属，须提交亲属函件；时间急迫的，应尽可能提交与申请事由相关的说明或者证明；（五）会见台湾亲属或者会见居住国外的亲属，须提交亲属到达香港、澳门日期的确切证明。
港澳通行证办理可以向常住户口所在地县级以上公安机关出入境管理部门申请。
例如，在广东办理港澳通行证：
窗口办理流程
1、申请人通过广东省公安厅出入境管理局提出申请，根据要求提交申请材料。
2、受理民警对申请人进行必要的询问，对申请材料进行审查。
如：申请表填写是否完整、清晰，符合要求；
申请人交验的相关证件、证明是否真实有效、齐全，符合要求；
提交的复印件与原件是否一致；
申请人是否具有《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十三条规定的情形等。
3、对申请材料齐全且符合要求的，应当受理；
申请材料不齐全的，应当一次告知申请人需要补正的全部内容；
发现疑点的，受理后应及时进行核查；
申请人具有《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》第十三条第（一）、（三）项规定情形的，受理后应当在审查情况中注明；
不符合本规范第四条规定的申请条件的，不予受理。
申请材料有：
1、居民身份证及复印件（用A4纸复印，可复印在同一张纸上）
2、《中国公民出入境证件申请表》
3、2寸淡底色彩照2张（也可现场拍照，费用自付），同时分别申请赴香港、澳门的签注。
只去香港则申请香港签注，只去澳门则申请澳门签注，如果香港、澳门都去，则两地签注都要申请。
扩展资料：
1、港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
通行证分为个人旅游、团队旅游、探亲、商务、其他、逗留等种类。
2、2018年9月1日起，内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换（补）发普通护照、往来港澳通行证、往来台湾通行证；
可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注。
参考资料：百度百科-港澳通行证
