根据解放后孙自己的叙述，他被蒋扣押是因为部队里有共产党的秘密组织，他保护过共产党员，任由地下党在部队存在；另外他给过同在豫皖边区的新四军5000块钱。（这两种原因都列出来，因为我们不在那个环境，不是当事人。鉴于孙是在解放后在北京讲的，也许以后会真相大白的。）
1943年1月18日，蒋鼎文在洛阳第一战区司令长官部以宴客为由将孙桐萱扣押。3、4天后由三四十名人乘专列武装押解到宝鸡警备司令部，在此关押18天后，由重庆派来一架飞机，由军统吴仲离带四名特务将孙押往重庆。先是关在重庆市珊瑚坝蒋介石卫队团内。大约半月后，在一天夜间，由一群便衣特务乘四、五辆小汽车又将孙桐萱押到瓷器口东南山坡下的一个孤院子里，由蒋介石卫队团的一名副团长带领20名战士，另有七、八名便衣特务日夜轮流看守。十余日后，孙被押往国民党军事委员会，蒋介石亲自对其进行了审讯。据说在孙被扣期间，蒋介石曾批过一个条子，决定枪毙孙，但国民党军事委员会讨论时没有通过，一是认为证据不足，二是怕影响原西北军其他将领。
被审讯后，孙桐萱仍被押回山坡下那个独院里监禁。一直呆了八个多月，后来有所松动，可以在特务跟随的情况下到附近山坡上散步。一次，军政部长何应钦动员孙在歌乐山买所房子，在重庆长期居住下去。孙说：”我没有钱。”最后，何应钦提出让孙将其父孙锡荣迁来重庆，孙答应了。孙锡荣来到重庆，在名义上对孙宣布释放，但被告知：不得出重庆，不得向外写信和任何人联系、并在暗中有特务监视。
蒋介石由于并没有抓住孙投敌的真凭实据，最后提出给孙调动工作。不久，国民党军事委员会派人给孙送来一纸中将军事参议的委任状。
孙桐萱被扣押之后，第3集团军被撤，其基本部队第12军被汤恩伯收编，将营以上军官大部分进行了撤换，由贺粹之担任军长，只有第22和81两师。抗战后，12军的2个师被缩编为整编81旅，并入刘汝明的第四绥靖区整编68师，后来又恢复为68军81师。在刘汝明撤往福建时，第81师在师长葛开祥率领下起义，副军长王振声和参谋长杜允中也随同起义。
1945年日本投降后，孙桐萱曾向蒋介石写书面报告，要求退出军界。1946年程潜任军事委员会参谋总长，孙在第一战区时曾跟随过程潜，便向他提出回北平等待办理退役手续的要求，得到批准。1946年6月16日孙桐萱回到北平。
重庆地处中国内陆西南部，由于特殊的地理环境和特殊的气候，重庆还有很多别称，比如因夏长酷热多伏旱而得名的“火炉”；因城市依山建筑而得名的“山城”；而冬春时节的重庆云轻雾重，又名“雾都”。重庆古称“巴”，是巴渝文化的发祥地，其历史至今已有3000年。在这座名城里，大足宝顶山石刻群是我国晚期石窟艺术的瑰宝。游客还尽可饱览南温泉、北温泉和避暑胜地缙云山、南山等地，远郊有江津四面山原始森林、渝南万盛石林、南川金佛山森林公园等。沿长江可饱览雄伟壮丽的长江三峡及巫山大、小宁河峡谷风光，还可观赏奉节鬼斧神工的天坑地缝，领略巫溪的红池坝高山草原等集山、水、林、泉、瀑、峡、洞为一体的自然奇观。
1、小南海
小南海地处渝鄂交界之地，距黔江城32公里，系1856年6月10日当地发生6.25级、烈度为8°的地震山崩堵塞溪流而形成的一个地震湮塞湖，为重庆市第一大天然湖泊。
经历了近150年后的今天，小南海依然保持了完整的地震遗址。其地面破坏原貌、水下农舍民房以及水下“醉汉”森林都完好地保存了震时状态。实地考察后的国内外专家学者给予了相当高的评价，认为当属“中国唯一、世界罕见”。清晰如初的大垮岩、小垮岩崩塌面、乱石林立的地震崩滑体、气势恢宏的地震湮塞大坝、风光秀丽的地震湮塞湖……形成全国绝无仅有的小南海地震遗址，具有极高的科学考察价值，是人类宝贵的自然遗产。正因如此，2001年小南海被批准为“国家级地震遗址保护区”、列为“全国防震减灾科普宣传教育基地”。小南海迄今难解的诸多不解之迷，如水下庄园面貌如何、多达4000多万立方米的陆面堆积物从何而来等，激发了众多人的兴趣，成为潜在研究资源。
小南海的科考价值已属难得，风光的优美更富魅力。2.87平方公里的湖面上碧波荡漾，湖水深度平均为30米，最深处52.7米。以板夹溪为主的五条溪流源源不断地注入湖内。朝阳寺岛、老鹳坪岛、牛背岛等三大岛屿林木葱郁、环境幽适。湖区四周秀峰环列，植被苍翠，使小南海宛若一颗镶嵌在深山之中的“明珠”。
小南海朝阳寺岛上曾在辛亥革命前夕由温朝钟组织发动了震惊清廷的“铁血英雄会”武装起义。二次国内革命战争时期贺龙率领的红三军亦在小南海打响了入川的第一仗，为小南海烙上了深深的革命色彩。
小南海景区面积150平方公里，与湖畔的八面山、附近的桥梁民族村构成一体，成为黔江的“王牌”旅游景区。
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2、重庆巴渝民俗文化村
坐落于渝北区两路镇。占地面积5公顷。巴渝民俗文化村内主要景点有一馆、四院、一庙、一牌坊，还有索桥、广场、湖泊、农舍、曲廊茶园与民俗风情街等景点及设施。巴渝民俗博物馆内藏有中国民间工艺品、服饰和其他生活用品实物1000余件。“四院”是指四个风格不同、结构各异的民居大院，分别展出古代巴人“人生礼仪”系列中的“诞生礼”、“婚礼”、“寿礼”、“丧礼”、“节俗”等。观音古庙展示了古代巴人的祈神活动与宗教观念。村内还可见到一块建于清光绪三十年(1904年)的节孝牌坊。
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3、长江三峡风景名胜区(重庆段)
长江三峡风景名胜区1982年被国务院命名为首批国家重点风景名胜区。
长江三峡风景名胜区(重庆段)包括奉节-白帝城、瞿塘峡、巫峡、神女溪、大宁河小三峡、马渡河小三峡、大昌古镇、巫溪庙峡、自然生态培育区、忠县石宝寨、丰都名山、涪陵白鹤梁等区域，规划面积1095.67平方公里。
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4、渣滓洞
渣滓洞原为人工采煤的小煤窑，因渣多煤少而得名。1939年军统将其强占设立看守所。 渣滓洞分内、外两院，内院有一楼一底的男牢16间，另有两间平房作女牢，外院为特务办公室和刑讯室。
1946年7月，息烽监狱、望龙门看守所撤销后，在押人员全部撤并于渣滓洞看守所。1947年4月，渣滓洞看守所一度关门，关押人员全部转回白公馆，10月，渣滓洞作为重庆行辕二处看守所，恢复关人，关押的主要有“六、一”大逮捕、“小民革案”、“挺进报案”和上下川东武装起义失败后被捕的人员，关人最多时达300余人。
