南京南站 到 南京站 没有直达夜班车，但是有地铁。
1.南京南站 乘地铁3号线(12站)末班车23：19分发往 南京站 23：47分到。
2.南京南站 乘地铁1号线(12站)末班车23：54分发往 南京站 00：25分到。
南京站：
南京火车站位于南京市玄武区龙蟠路111号，是中国铁路枢纽、国家铁路客运一等站、中国十大火车站之一。始建于1905年（清光绪三十一年），原址位于下关地区，1968年9月迁入现址，与南京长江大桥同时建成投入使用，原南京站改为南京西站。2005年7月中旬完成改建工程，并率先采用“高进低出”的方式，成为中国各地火车站新建改建的范本。
南京南站：
南京南站位于南京市雨花台区玉兰路98号，是中国铁路客运特等站、华东地区最大的交通枢纽，连接八条高等级铁路的国家铁道枢纽站，南京南站占地近70万平方米，总建筑面积约45.8万平方米，总投资超过300亿元人民币，其中主站房面积达28.15万平方米，是亚洲第一大火车站和亚洲第一大高铁站。
如图所示，南京地铁3号线首末班车时刻表如下（截至2019年8月）
南京南站往南京站方向的末班车时间为 23：19
