1、香港高铁造价太高，总共600多亿港元的造价，香港政府对此并未有合理的解释，决策不透明，这导致了香港居民难以接受。
2、为了保护环境和传统的生活方式，现在政府这个方案要拆迁一整个农村，很多年轻人就特别反对的是这个，还有农村原住民的反对，香港政府对于拆迁赔偿的方案有待商榷。
3、还有保卫香港身份的原因，1997年后香港以令人胆战心惊的速度向大陆靠拢和归属，香港仍然保有它的法治与自由，但随着它对大陆经济近乎病态性的倚赖，两地的文化差异正在不断缩小，而香港独特的文化身份也变得岌岌可危。
作为一个象徵，没有甚麽比将香港与深圳和广州串联成一个紧凑整体的高铁，更有力、更戏剧性地把香港“只是另一个大陆城市”的身份彰显出来。从这个角度看，至少在反高铁人士的心目中或潜意识里，反高铁要反的不仅是高铁，也是无止境、不加思索的香港大陆化趋势。
拓展资料为使发展高铁合理合利，港府信息发布的重点主要集中在三方面：
一是倘香港建不成高铁，势必不能与大陆接轨，最终会沦为竞争力落后的孤岛；若延误兴建，也会丧失先机。二是强调高铁的好处，包括节省时间、合理票价、减少排碳、促进就业及贯通大陆。三是把菜园村征地事件简化成赔偿问题，征地被反对，是赔偿不足，“加码”自可息事宁人。
综观目前香港高铁的反对者，大致有两批人:一批是从支持菜园村农民拒迁开始，逐步转变为反高铁的上世纪80年代出生的年轻人，他们主要是对高铁项目破坏居民的生活状态、引起空气和噪音污染表示愤慨。另一批人则是政党及“公共专业联盟”，他们批评高铁，有太多问号当局仍未交代，现阶段无法让高铁项目合理化。
参考资料：凤凰网
广深港高速铁路，又称广深港客运专线，是中国一条建设中的高速铁路，连接广东省的广州、东莞和深圳，以及香港特别行政区，也是中国「四纵四横」客运专线中，京港客运专线（京港高速铁路）的组成部分，亦为珠三角城际快速轨道交通网的骨干部分。铁路将主要提供广深港之间的客运服务，并计划发展长途高速铁路客运业务。列车时速可达350公里，由广州至香港行车距离142公里，全程行车时间为48分钟。广深港高速铁路香港段（规划初期曾称为区域快线）已於2009年10月20日在香港特别行政区政府行政会议上拍板兴建，并在2010年1月16日获得立法会财务委员会通过拨款。
香港段起屹於香港九龙佐敦西部的西九龙填海区西九龙总站，止於香港与深圳的边境，总长26公里。途经九龙的西九龙填海区（油麻地、大角咀、深水埗南昌）、葵涌、尖山、金山，以及新界的大帽山、石岗、八乡、鸡公岭、牛潭尾、米埔的地底。沿途不设站，只设西九龙总站。
营运时速方面，香港段最高营运时速为每小时 200 公里（即中国高速铁路中较为宽泛的高速铁路定义的时速）。政府认为按国际铁路联盟的指引，个别国家可按外在因素而决定本国的高速铁路概念；同时相对香港其他铁路（本地通勤铁路机场快线最高营运时速仅为每小时 135 公里），香港段拥有较高的速度，因此此段铁路仍可称为高速铁路。
香港段将由香港特区政府全资兴建，造价为669亿元港币，当中铁路建造工程占550亿元，非铁路工程（包括但不限於西九龙交通改善工程）占118亿元，对菜园村的特惠赔偿占8,600万。香港段已於2010年4月正式动工，预计2015年建成通车，将会以「服务经营权」模式租赁予港铁公司营运。
2010年01月15日, 反高铁人士冲破警方防线到达礼宾府后门。
数百名原本聚集在立法会外的反高铁人士，晚上在财委会会议结束后，步行往礼宾府外，途 中在上亚厘毕道和警方激烈冲突，警方组成人链阻止他们前进，但示威人士冲破警方防线， 到达礼宾府后门，坐在地上，要求与行政长官曾荫权对话，警方在礼宾府外筑起防线 。
反对阵营对广深港高铁香港段之批评理据包括但不限於：
铁路工程与现有交通路线重覆：现已有不少途径供市民往返中港两地，如过境巴士、东铁线、飞机等。此外，香港现时已有不少公路连接新界北部边境与市区。
破坏居民的生活状态、空气及噪音污染：现时走线除影响元朗区石岗横台山菜园村一带居民，亦会影响市区居民，如大角咀不少旧楼的地基就可能受地底下的工程影响。此外，西九龙文化区的工程亦可能受高铁工程影响。
26公里的高铁造价超过650亿，为全球造价最贵之铁路项目。
高铁站应该设於市中心外（例如锦上路站）：市中心（此处指西九龙总站一带，惟西九龙是否属香港之市中心范围仍有争议）现时的交通已受重大压力，兴建高铁站后相信会令交通问题日趋严重。另外，市中心是已高度发展地区，相对下新界北部一带更需要高铁站带起地区经济发展。而设於西九龙亦令造价相应提高。
高铁不合成本效益，而且全世界的高铁都不能赚钱。：建造费用高昂难以收回成本，其制造的效益（如制造就业机会、增加中港两地交流等）也受到质疑。
没有一地两检（见深圳湾口岸）：所节省的时间可能会被浪费於入境手续之上。由於香港跟中华人民共和国属於两个不同的关税区，故若国内海关人员以一地两检名义在香港执法会令WTO质疑香港与中国的两个不同的关税区的地位。中华人民共和国香港特别行政区基本法第二十二条规定"中央各部门、各省、自治区、直辖市在香港特别行政区设立的一切机构及其人员均须遵守香港特别行政区的法律"，如果实施一地两检的话，海关设於每一个位於中华人民共和国境内的每一个站是非常浪费资源，如果设於香港又会违反中华人民共和国香港特别行政区基本法，更甚者，可能会令WTO质疑香港与中国的两个不同的关税区的地位。
欠缺计划，隐瞒细节：於审批高铁拨款的会议上，不少立法会议员曾多次询问上述各项问题，但政府并未给予充分回应，尤其於细节上（原料来价、搭客数目评估方法、生态环境评估等）往往以「政府已有充分考虑」作回应，且否决向议员及公众披露相关文件之内容。
没有充分谘询：政府并没有举行大型谘询会收集市民意见，即使有亦欠缺宣传，使人们未有得悉谘询会之安排。
高估客量：运输及房屋局副局长邱诚武出席论坛时表示政府估算每日9.9万的客运量，不过客量估算是否准确遭到各方质疑，公共专业联盟更指出，现时机场快线的客量现时每天只有2.9万人次，远未达至90年代筹建时估算的3.9万，令半个机铁香港站月台12年来一直荒废，公共专业联盟主席黎广德批评港府对很多基建的预测往往不准确。
值得留意的是，大部分反对者其实并不反对兴建高铁，只是质疑现有方案是否合理。
