原因就出在京沪高铁蚌埠南-徐州东这一段上。
京沪高铁是国内最繁忙的线路之一，每天一百多对车（印象里大概130-150左右），而且多数集中在白天10点-18点这段时间。而从合肥往济南走，是必然要通过这个区间的。
因为高铁列车速度快，车与车之间必须有足够安全的距离，否则就有追尾的风险，京沪高铁的发车间隔是5分钟，运行间隔一般大于3分钟，假设合肥有一趟发往济南的车，到达蚌埠南以后要继续北上，京沪高铁上就必须预留10分钟左右的窗口期，才能保证这趟车安全的排进时刻表。
但是京沪高铁并不能保证在任何时间都一定有准确的10分钟窗口期，如果恰好某趟车跑慢了，或者跑快了，或者这趟车本身慢了一点，就可能侵占到这个窗口期，让这个窗口期不可用，这种情况下就需要等下一个十分钟了，但前面已经提到了，京沪高铁很忙，在白天如果错过了十分钟，要等到下一个十分钟是需要很长时间的，这就造成了合肥开过来的车极容易晚点，并且一旦晚点，就要等很长时间。
如果题主仔细观察的话，晚点多数都发生在蚌埠南站。
京沪高铁其它几个跨线节点也是比较容易晚点的，比如胶济客专青岛往济南西，以及从东北方向经天津上京沪高铁等等。但这些节点比蚌埠南好的地方在于，这些都是省会级别的枢纽站点，几乎所有车都会在济南（西）、天津（西）停车，这样就算是晚点1-2分钟，问题也不大。但蚌埠南不是一个大站，如果恰好临近几趟车都在蚌埠南通过不停车，那么要找到下一个跨线窗口就非常困难了。
通常情况下，铁路调度会优先保证标杆车的正点率，通常来说，标杆车的车次号码一般比较小，最近京沪高铁又多了几趟350的提速车（G1/G2、G3/G4、G5/G6、G7/G8、G9/G10、G13/G14、G17/G18），这些车的优先级更高，而合肥方向只有G28和G30两趟等级稍微高的车，这就使得合肥过来的车更容易晚点。
反方向（济南-合肥）不容易晚点的原因是，济南西是在京沪高铁正线上的，不存在跨线的问题，正常发车就可以了。而蚌埠南-合肥南区间的车又不多，晚1-2分钟很容易追回来，时刻表的冗余度很大。即使济南开到蚌埠南的时候晚点1-2分钟，在蚌埠南-合肥南这一段也可以追回来。
凡是跨线车，尤其是从一条不忙的线路跨到繁忙的线路上的，都相对容易晚点，非跨线车几乎不太容易晚点，要晚点的话也可能是整条线路的问题。
合肥-蚌埠段的高铁是2012年通车的，2012年之前连线路都没有，自然也没有晚点的问题。
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选取一个实际的时刻表作为例子（此处有更新，原来的例子不恰当）
G352次就是一趟途经合肥-济南区间的车，一个典型的跨线车。
该车蚌埠南开车的时间是10:50，前一趟经停蚌埠南的是G114次，距离9分钟，冗余度还是很大的，但并非所有车都在蚌埠南停车，G352次前后几趟车都经停徐州东，我把这些车到达徐州东的时间列在图里，可以看到，这些车都是依次以间隔4分钟的距离到达徐州东的。
如果G352次晚点2分钟，在合福、合蚌高铁上，可能很容易追回来，但在京沪高铁上，因为前后车的距离都是4分钟，G352次没有提速的可能性，必须在10:50准时发车，否则后面的车就追上来了。
如果G352晚点了，就要一直等着，我这里的图没写完，G58后面，是G212次11:39到徐州东，然后是G1882次，11:43到徐州东，都是4-5分钟的间隔，直到G36次，11:52到徐州东，才有了十分钟的间隔，可以在这个时间段里加进去，到达徐州东的时间是11:48左右，到达徐州东时已经晚点20多分钟了。
因为京沪高铁徐州东-蚌埠南段太过于拥挤，晚点1-2分钟的跨线车可能要等十几分钟甚至几十分钟才有机会继续开行，别的线路因为不像京沪高铁这么繁忙，所以晚点1-2分钟产生的影响不大。
解决这个问题的根本方法是强制让旅客在蚌埠南换乘，然后把整个京沪高铁时刻表重排。但这在国内很难推行下去，首先是国内车站的站内换乘通道很难承担这么大的客流，而且国内旅客也习惯于坐直通车
