一是改造提速难度大，兰新高铁线路长，施工量大，现行建设标准很不统一，有的路段改造容易、有的路段很难，尤其是西宁以西至哈密段的漫长距离，线上线下都要全方位改造，由此必然造成线路暂时停运，而这几乎是不可能做到的，唯一可以寄希望的是待兰张三四线建成后才能把运力转移过来以便该路段全面改造。
二是西北地区多风沙，大风天气会给高铁运营带来极大影响，兰新高铁沿线多大风这就决定了挡风设施必须要高标准建设，如果挡风设施达不到标准，那就降速运行。而目前兰新高铁的挡风设施都是按照250公里每小时的标准建造，若要升级，挡风设施也必须升级。
三是从经济效益方面考虑，长距离运输竞争不过航空，以现在乌鲁木齐到西安动车为例，一等座735.5元，动卧票价1200元左右，用时14小时46分，航空1000元左右，用时3小时10分，若非特殊情况，傻子也会选择飞机。如果改造成350公里每小时的标准，乌鲁木齐至西安用时8小时左右，票价肯定会更高，最少也要1000元，还是竞争不过航空。因此目前的方案也许是最优方案了，新疆大力发展航空才是务实正经之举，高铁建设对于地广人稀的西北地区也真的成了鸡肋。
四是张家庄隧道问题，兰新高铁屡次为之改道，隧道问题不彻底解决，兰新高铁提速至350公里每小时就是天方夜谭。
兰新高铁是一条战略高铁，维持目前的现状是最为合理的，也许未来某一天会全线升级改造，那就是西北地区真正要大发展的时候了。
在2024年年底。2022年11月兰州至哈密高铁收到地震灾害影响而停运，根据相关信息查询，兰州至哈密高铁停运恢复时间是在2024年年底，需要维修高铁线路。高速铁路，简称高铁，是指设计标准等级高、可供列车安全高速行驶的铁路系统。
