可以在全国范围内任一公安出入境管理机构或者自助签注机上办理。2018年9月1日起，内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换(补)发普通护照往来港澳通行证、往来台湾通行证可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注。
2019年4月1日起，中华人民共和国往来港澳通行证，实行全国通办。申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
《中华人民共和国公民出境入境管理法》
第一条为保障中国公民出入中国国境的正当权利和利益，促进国际交往，特制定本法。
第二条中国公民凭国务院主管机关及其授权的机关签发的有效护照或者其他有效证件出境、入境，无需办理签证。
第三条中国公民出境、入境，从对外开放的或者指定的口岸通行，接受边防检查机关的检查。
第四条中国公民出境后，不得有危害祖国安全、荣誉和利益的行为。
港澳通行证在哪里办
护照和港澳通行证都需要在县级以上公安局出入境管理局服务大厅办理。
以深圳为例，其办理流程为：
一、网上预约：登陆深圳市公安局出入境便民网或关注深圳出入境公众微信号预约。
温馨提醒：
(1)预约时就可以选择是到办证大厅领取签证，或是邮政快递领取。
(2)首次办理，邮递范围只限广东省内，邮政快递所需时间不纳入办理时间，邮递费用不包括在办证费用以内。
(3)凡16周岁以下申请人提出申请，须事先经父母或监护人同意，如果选择邮政速递方式领证的，邮件收件人必须为其父母或监护人。
二、材料准备：准备好必须材料，根据身份看看是否需要准备或需材料。
温馨提示：
驻深现役军人或国家记备案工作人员填写好《关于同意________申办出入境证件的函》，还需要所属人事部门盖章的审批意见。
三、大厅办理：凭电子回执，申请人携带相关证件，在预约时间内到指定办证大厅办理港澳通行证。
1、提前15分钟到大厅咨询窗口确认号码，领取预约号，等待叫号办理。(如未打印申请表格，可在大厅“申请易”或咨询台打印)
2、录入指纹：采取指纹两个，为左右手大拇指或食指在广东省公安机关出入境管理部门成功留存过指纹信息的，无需再次采集指纹，但需进行指纹核验。核验不通过，经核实身份，须重新采集指纹。
3、排队等候：采取指纹完成后办证大厅会给申请人一个排队编号排队等待，轮到自己所持编号之后，到指定的柜台递交材料进行审核。
4、办证大厅审核：审核无误，得到办理港澳通行证缴费单(在办证大厅拍摄数码电子照片的申请人还有一份电子照片缴费单)
5、缴费和领取回执：拿着缴费单办理缴费，缴费完成后办证大厅会给申请人一张回执(领取港澳通行卡就靠这张回执)。
