南京各个线路地铁运营时间不同，具体的12条路线的运营时间如下。
线路运营时间和线路信息。
1，南京地铁1号线。
首末班车时间。迈皋桥05:42 - 23:19 | 中国药科大学05:47 - 23:27。
线路信息。新街口站换乘2号线，安德门站换乘10号线。
2，南京地铁2号线。
首末班车时间。油坊桥06:00 - 23:00 | 经天路06:00 - 23:00。
线路信息。新街口站可与1号线换乘，元通站可与10号线换乘。
3，南京地铁3号线。
首末班车时间： 林场06:00 - 23:00 | 秣周东路6:00 - 23:00。
线路信息：开工时间：2010年12月1日； 开通时间：2015年4月1日。
4，南京地铁4号线。
首末班车时间： 仙林湖06:00 - 23:00 | 龙江06:00 - 23:00。
线路信息：南京地铁4号线一期途径鼓楼区、玄武区、江宁区和栖霞区，线路西起龙江站，由南京主城一路向东。
5，南京地铁10号线。
首末班车时间： 安德门06:00 - 23:40 | 雨山路6:00 - 23:00。
线路信息：2014年7月1日已经开通。
6，南京地铁机场线(S1)。
首末班车时间： 南京南站6:00 - 22:00 | 禄口机场6:40 - 22:00。
线路信息：开工时间：2011年底； 开通时间：2014年。
7，南京地铁宁天城际(S8)。
首末班车时间： 泰山新村06:00 - 21:00 | 金牛湖06:00 - 21:00。
线路信息：本线路与其他线路暂无换乘。
8，南京地铁S1号线(机场线)。
首末班车时间： 南京南站06:00 - 22:40 | 空港新城江宁05:57 - 22:40。
线路信息：开工时间：2011年底； 开通时间：2014年。
9，南京地铁S3号线(宁和城际)。
首末班车时间： 高家冲06:00 - 22:00 | 南京南站06:00 - 23:00。
线路信息：南京地铁宁和S3号线开通，全长36.22公里，共有19座车站，其中将设置7个换乘站。
10，南京地铁S7号线(宁溧城际)。
首末班车时间： 空港新城江宁06:00 - 22:00 | 无想山06:00 - 22:00。
11，南京地铁S8号线(宁天城际)。
首末班车时间： 泰山新村06:00 - 22:00 | 金牛湖06:00 - 22:00。
线路信息：本线路与其他线路暂无换乘。
12，南京地铁S9号线(宁高城际)。
首末班车时间： 翔宇路南06:00 - 22:00 | 高淳06:00 - 22:00。
线路信息：南京地铁S9号线（又称宁高线）是南京地铁第九条建成运营的线路，也是南京地铁线网中一条南北走向的线路。
2022年地铁4号线运营时间表如下：
轨道交通雨山路地铁站5:40-22:20。
安德门地铁站6:00-23:00。
轨道交通南京南站6:00-22:00。
禄口机场6:40-22:00。
轨道交通泰山新村6:00-21:00。
金牛湖6:00-21:00。
地铁2号线列车：
南京地铁2号线采用宽体A型地铁列车，行走制式为钢轮钢轨，轨距为1.435米，采用4动2拖方式编组，共配车35列210辆（截至2018年底）。
每一列车有6节编组，每节长24.4米、宽3米、高3.8米，每节车厢每侧各5扇塞拉式车门，单节载客量310人，整列载客量1860人，最高运行时速80千米/时。车身颜色为红色主色调、白色裙边、黑色窗框勾边。
南京地铁首末车时刻表：
南京地铁1号线
首末班车时间：迈皋桥 05:42-23:19
中国药科大学：05:47-23:27
南京地铁2号线
首末班车时间：油坊桥06:00-23:00
经天路：06:00-23:00
南京地铁机场线(S1)
首末班车时间：南京南站 06:00-22:00
禄口机场：06:40-22:00
南京地铁10号线
首末班车时间：雨山路 06:00-22:20
安德门：06:00-23:00
南京地铁宁天城际（S8号线）
首末班车时间：金牛湖 06:00-21:00
泰山新村：06:00-21:00
