呈贡校区：云南省昆明市呈贡区雨花路1076号，邮编：650500；
白塔校区：云南省昆明市盘龙区白塔路88号，邮编：650011。
云南中医药大学始发于1953年成立的昆明中医进修学校,1960年云南中医药大学的前身云南中医学院正式挂牌成立，是全国第二批成立的中医药院校之一。
1951年经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。
1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校址位于昆明市景星街110号，校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。同年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。
1957年1月校址从昆明市三合营13号又迁至昆明高峣办学，上级任命省卫生厅厅长王天顺兼任校长。同年增设“中医师资班”、“针灸师资训练班”、“中药调剂班”、“麻风防治干部训练班”和“卫生干部文化班”。
有3个校区。
1、呈贡校区：呈贡校区位于昆明市呈贡区，是云南中医药大学的主校区，占地面积约2000亩，建筑面积约70万平方米，是一个集教学、科研、医疗、生活等多功能于一体的综合性校园。
2、西山校区：西山校区位于昆明市西山区，占地面积约1000亩，建筑面积约30万平方米，是云南中医药大学的第二校区，主要用于教学和科研工作。
3、安宁校区：安宁校区位于昆明市安宁市，占地面积约300亩，建筑面积约15万平方米，是云南中医药大学的第三校区，主要用于学生实习和实践教学。
