五花海的水通过了地下岩层的天然过滤，所以清澈见底。
九寨沟形成原因--------------------------------------------------------------------------------
喀斯特（KARST），原为欧洲巴尔干半岛的一个地名，那里是石灰岩分布区，因石灰岩的溶蚀和侵蚀形成各种奇特的地形。后来，科学家们便使用“喀斯特”一词来称呼因石灰岩的化学溶解而引起的一系列地址作用和地貌现象。华南亚热带地区，人们在地表看到的主要是石灰岩被溶蚀、侵蚀的峰林、峰丛景观，只在气温较低的地下溶洞中才能见到再沉积的钟乳石等；而在九寨沟，地表常年气温远低于华南亚热带区，地表的溶蚀景观不甚突出，除了上游地表有较多溶沟、石芽外，溶蚀主要在地下进行。相反，最引人注目的却是地表大量堆积的钙华，形成钙华堤、钙华池、钙华滩、钙华瀑等。在九寨沟的地表地理环境下，较强的蒸发作用、地下水溢出后压力的减小、地形陡变处水流流速的增大、特别是水生植物的光合作用对CO2的大量吸收，均有利于钙华的堆积。这钟“反向”的喀斯特景观，成为大自然的一大杰作。
九寨沟具备了喀斯特溶蚀作用发育的一切有利条件：九寨沟流域的岩石几乎全由石灰岩构成，厚达数千米；强烈的新构造活动在岩石中产生了大量裂隙和断裂，增大了岩石的透水性；流域内具有较充沛的降水，高原边缘的差异性抬升形成了巨大的地形反差，有利于岩溶水的循环运动，使喀斯特作用能持续进行；流域内植被发育，土壤中富含CO2及腐殖酸，岩石中还含有可产生酸类物资的有机质和含硫矿物，这给地下水提供了较丰富的CO2来源，使地下水具有了较强的侵蚀能力。
九寨沟喀斯特溶蚀的主要表现是发育有规模客观的地下岩溶通道。例如：长海无地表出水口，日则沟、丹祖沟下段呈于谷，均证明有地下河存在。
通过水均衡观测和同位素示踪研究已证明，长海的水有相当一部分通过长海至原始森林、长海至鹰爪洞一带的地下暗河补给到日则沟，使得日则沟成为九寨沟内水量充沛、海子最为集中的风景地段。
世界上，与九寨沟累似的喀斯特风景地只有克罗地亚的普里特维采（PLITVICE),而九寨沟的景观规模和生态环境条件的复杂多样性远远超过普里特维采。普里特维采位于海拔483m--637m的地中海周边地区；而九寨沟位于海拔2000m---4700m的内陆高寒高山峡谷区，因此它的喀斯特作用和景观特征还具有独特的科学价值。
