新安江流域地处安徽省多雨中心，正常年降水量1752毫米，居全省首位，河系发育健全，河网密度大，亦居全省首位。尤其是左岸其河系发育程度和密度都优于右岸。在汇入新安江的各级支流中，河流长度在10公里以上有57条；在10公里以下达586条。可见其河网密度之大。
率水，又名南港。发源于休宁县六股尖，为冯源河；至棣甸附近会梅溪源、用畲河，为大源河；至流口会小源河，经祁门县凫峰，会琅溪河；再入休宁县，会碜溪河；经冰潭，会杭溪河、桐子溪；经江潭至上溪口会沂源河；经陈霞，会回溪河；经首村，会汪溪河，经月潭至龙湾会颜公溪；再经洪里至雁塘村附近会蓝水入屯溪区境，然后经枧忠、黎阳至阳湖与横江会流，注入新安江。主河道全长148.2公里，休宁县县境内124.4公里；流域面积1522平方公里，休宁县县境内1391平方公里。为休宁县第一大河。源头至上溪口河岸，两岸山势陡峭，河道多弯曲，河床基岩裸露，弯曲凹岸滩地发育，多由砂及卵石沉积而成。河床较为稳定，一般河宽25～35米，河道落差大，具有兴建中、小型水电站的良好条件。上溪口以下至陈霞河段，地势逐渐开阔，河宽60～100米。陈霞至首村一带，河流进入峡谷，山势险峻，河道曲折迂回，自月潭以下，两岸多为低坡丘陵，地势开阔，河道平顺，河宽120～200米，河漫滩较发育，河岸为冲积物构成，不够稳定，且植被欠佳，有一定程度的水土流失。
横江，又名吉阳水、东港、白鹤溪。源于黟县漳岭的白顶山，经渔亭东流入休宁县境，至东亭会东亭河；经岩前，至蓝渡会龙源河；至杨村会紫溪河；又至川湖万全山会夹源水；继续东流至万安镇，在富来桥会柳州河、松萝水，在观音桥会琅源水；再经潜阜，至梅林附近会陈坑水入屯溪区境。然后经新潭，隆阜至阳湖与率水汇流，注入新安江。主河道全长69.8公里，休宁县县境内长40.2公里；流域面积997平方公里，休宁县县境内556平方公里。主河道上游流经齐云山，中下游两岸地势开阔，是休屯盆地的主要组成部分，河道平顺，河漫滩较发育。
练江，也是新安江上游的一条比较大的支流，位于左岸，发源于黄山之东麓，由丰乐水，富资水、布射水、杨之水（练河）4条河于歙县汇合后始称练江，至浦口入新安江。为一扇状水系，练江的主干为杨之水（又名练水），先后纳双源河、临溪河来水。练江长65公里，流域面积1576平方公里，占新安江流域（安徽境内）面积的24.4%。 新安江左岸支流主要有：
锦溪，发源绩溪县铜坑岭西侧，流经孔川入境，至棉溪口注入新安江。境内流经和溪、里方、红旗、鸿飞、洪琴、七贤、北岸、五渡、安梅、洪济、棉溪、扬村等村庄，沿途接纳大小支流10条，呈梳齿状布列于右岸。主河道全长46.8公里，流域面积125.80平方公里；境内长37.25公里，流域面积120.39平方公里，河宽4—25米，坡降5.02‰，河床淤积砂、卵石。
昌溪，发源于天目山脉西侧，有昌、华二源。昌源（主源），出清凉峰至搁船尖一带山峰西麓，流经竹铺、三阳、杞梓里、苏村、唐里等乡，至石潭乡汇华源，沿途接纳柏川、英坑、小溪、周川等河流；华源，出绩溪县逍遥岩西南麓，流经石柱坑入境，再经水竹坑、西村、横溪、金山、庄川、上干、河政、霞坑、进丰等村庄，至石潭汇昌源，沿途接纳小溪流9条。昌、华二源汇合，再流经昌溪、定潭至深渡，注入新安江。河道长70公里，宽12—75米，坡降4.19‰，流域面积452.40平方公里。昌源中村以上、华源西村以上河段岩石多裸露，堆积砂砾、卵石、砾石和大石，水流湍急，中村、西村以下河段，水流稍缓，河床堆积砂、卵石。
大洲源，有大、小二源。小源，出杨树尖、上路尖，流经井潭，至岔口汇大源；大源，出仙人降、流经周家村，至岔口汇小源。大、小二源汇合后，再流经洽河、武阳，至大川注入新安江。河道长41.2公里，宽40—48米，坡降2.07‰，流域面积158.5平方公里。岔口以上河段，河床岩石多裸露，下游多砂、卵石淤积。
太平源，发源于本县青山尖，流经太平至新溪口，注入新安江。河长11公里，河宽8.5—14米，坡降18‰，流域面积24.15平方公里，河床淤积砂、卵石。
新安江右岸支流主要有：
小洲源，源出黄备岭、盘岭、仙人尖，流经小洲、联盟、汪米滩、临家坞，至小川注入新安江。河道长19公里，宽15—19米，坡降3.88‰，流域面积57.4平方公里。沿河为两山夹一谷，河床淤积砂卵石，有裸露礁石。
街源，源出白际山脉的连岭、大峰尖、石耳山等山岭，流经南源口、长标口、胡埠口、小桥头、巨川至街口，注入新安江。沿途接纳长陔源、长标源、茶园、胡埠源、璜蔚源、巨源等水。河道长43公里，宽30—34米，坡降7.3‰，流域面积205.4平方公里，河床岩石多裸露，淤积砂、卵石、大块石。 蟾溪，源于休宁县秀阳乡西部，主要流域在屯溪区境内，流长达19.1公里，河道流经蟾川、隆阜、黎阳3个乡，经西镇桥入率水。
榆村河，源于歙县石门乡，于屯溪区阳湖乡上长湖头入境，由下洽阳入新安江，境内流长约6公里。
汊水，源于休宁县璜源村，于屯溪区枧忠乡新江村小里入境，自汪塘干入率水，境内流长不足3公里。 武强溪，源于安徽休宁县璜尖。流经淳安余家、中洲、汾口，注入新安江水库。流域面积420平方公里，其中在淳安的面积221平方公里，主流长41公里，水位落差642米，平均坡降16.4‰，属山溪性河流。
枫林港，源于淳安、衢县、常山、开化四县交界的千里岗主峰磨心尖，由白马溪、铜山溪两支溪流汇合而成。枫林港流经大墅镇后，注入新安江水库。流域面积292平方公里，主流长48公里，落差742米，属山溪性河流。
进贤溪，又名东源港，源于淳安大岭塔，它由富强溪（瑶山溪）和梅川（秋源溪）在临岐大桥以上地段汇合，后注入新安江水库。临岐大桥以上的流域面积397平方公里，其中富强溪流域面积203平方公里，主流长49公里；梅川流域面积194平方公里，主流长36.6公里。
云源港，源于淳安严家乡与安徽歙县交界的搁船尖，水流向南，经过严家、王阜、郑中等乡，在宋村乡注入新安江水库。流域面积249平方公里，主流长61公里，落差742米。
寿昌江（溪），源于建德长林乡大坑源村，水流经过上马、大同与劳村溪汇合，至航头乡颜公桥纳小江溪、乌龙溪，至寿昌镇宋公桥有童家溪汇入，至黄泥墩与甘溪合并后于罗桐埠注入新安江。流域面积691平方公里，主流长64公里，流域植被复盖较差、水土流失严重，洪水期江水黄浊。
兰江，为钱塘江最大支流（一说衢江、兰江为钱塘江干流）。源于安徽省休宁县青芝埭尖的北坡，上源称马金溪，下接常山港，与江山港汇合后称衢江，沿途接纳乌溪江、芝溪、灵山港等溪流，至兰溪与金华江汇合后称兰江，自南向北流，至建德三河乡入杭州市境，经麻车、大洋、洋尾、南峰，在梅城与新安江汇合。兰江流域面积19350平方公里，主流长300公里，其中在建德的流域面积419平方公里，河段长23.5公里。
分水江，从临安紫水乡紫溪村上溯有昌化溪、天目溪两支源流。昌化溪为主源，发源于安徽绩溪县荆州之西饭蒸尖，海拔1349米，在新桥乡西舍坞之西流入临安境内，经过新桥、呼日、鱼跳、到龙岗接纳颊口来水，再经过昌化、河桥等乡（镇），到紫溪汇合天目溪（浮溪）。主流长72公里，流域面积1430平方公里，其中在临安境内面积1376平方公里。天目溪发源西天目山，流经绍鲁、於潜、堰口、塔山、紫水等乡镇，主流长57公里，流域面积788平方公里。昌化溪与天目溪汇合后的河段称之为分水江。分水江在印渚乡贺州村进入桐庐境内，经过分水、横村等地，沿途接纳后溪、前溪等支流来水，至桐庐镇入富春江。分水江干流长165公里，流域面积3430平方公里。河道曲折、滩多流急、水位暴涨暴落，具有山溪性河流的特点，水力资源丰富。分水江一度为桐庐镇、分水、於潜、昌化水路运输要道，由于水土流失严重，特别是1969年7月5日特大洪水后，河床抬高，除桐庐镇至横村尚通舟楫之外，其余河段已不能通航。
