主要区别是，性质不同、作用不同、管理机制不同，具体如下：
一、性质不同
1、动车段
动车检修、存放基地。
2、机务段
机务段是铁路运输系统的主要行车部门，主要负责铁路机车（俗称“火车头”）的运用、综合整备、整体检修（一般为中修、段修）的行车单位。
二、作用不同
1、动车段
检修，存放车辆。
2、机务段
机务段一般设置在重要的铁路枢纽城市或重要的货运编组站附近，主要担当旅客列车、货运列车、行包列车或专运任务的动力牵引任务。
三、管理机制不同
1、动车段
处级单位。
2、机务段
中国铁路总公司运输局机务部。
参考资料来源：百度百科-动车段
参考资料来源：百度百科-机务段
上海铁路局有两个，分别是上海动车段和南京动车段，而南京动车段是在16年从上海动车段中分离出来的。动车其实也属于车辆，最早的时候它就属于车辆段管辖，但是随着我国高铁的快速发展，动车段就从车辆段中分离出来了，但是还是有部分动车所放在车辆段里，由车辆段代为管理。但是随着动车事业的发展，动车运用所不断发展壮大，所以上海铁路局就有2个动车段。
