1206年在斡难河源头被推举为成吉思汗，最初定都于大斡耳朵，即温都尔汗（今已改名为成吉思汗市），后来定都于哈拉和林。
成吉思汗当初设置的四大斡耳朵当中，除了和林斡耳朵之外，“大斡耳朵”在内的三个斡耳朵都位于克鲁伦河附近，这足以证明外蒙古的东部实际上比起中部的气候水源条件要优越一些，在地缘上，乌兰巴托也是要优于和林的。
1690年，准噶尔汗噶尔丹在乌兰布通之战被清军暴揍，损失大半主力，战败后逃往科布多(今蒙古吉尔格朗图)。俗话说：树倒猢狲散。噶尔丹还没倒，但是已露颓相，以往那些被他征服的哈萨克、青海等部都投入清军阵营。噶尔丹的势力遭到严重的削弱，暂时安静了一段时间。
乌兰布通之战后，康熙为巩固蒙古地区的统治，防止噶尔丹卷土重来，于第二年亲临多伦诺尔(今内蒙古锡林格勒盟多伦)召集蒙古、内蒙古王公贵族会盟，喀尔喀蒙古归附，坚定地站到了清朝一边。
噶尔丹可以说也是位和康熙棋逢对手的雄主，在其继位以后，对内平叛，对外东征西讨，战无不胜，哈萨克、喀尔喀等都被他搞定，鼎盛时期控制的领地约七百万平方公里。这样的人物，必然不会那么容易就服输。
1695年冬，噶尔丹率3万人马沿克鲁伦河而下至河源处屯聚，在巴彦乌兰(今蒙古温都尔汗以西、达尔汗以北)到处抢夺劫掠。
康熙当然也不会放过噶尔丹这个心腹大患，1696年二月，康熙御驾亲征噶尔丹。大军兵分三路，康熙自领中路约3万人，主要是驻守京师的八旗营和火器营，从独石口(今河北赤城北)北出。
西路军分别由抚远大将军费扬古和振武将军孙思克统领，约4万人，从归化(今内蒙古呼和浩特)和宁夏(今宁夏银川)北上，在翁金(今蒙古海尔汗杜兰西)会合。
东路军约万人，由黑龙江将军萨布素统领，兵力主要来自盛京、黑龙江、宁古塔、科尔沁。大军翻过大兴安岭，沿克鲁伦河向西进发。
三军约定日期在土喇(今蒙古乌兰巴托西南)会师，然后合击噶尔丹，但是西路军的孙思克部虽然距离看起来更近一些，但是路是最不好走的，不是高山(阴山山脉、阿尔泰山脉)就是沙漠戈壁(乌兰布和沙漠、库布齐沙漠、中央戈壁等)，要么翻山越岭，要么穿越大沙漠，而且还得应对极端的气候条件，其难度可想而知。
孙思克部果然在穿越大漠的时候，遇到恶劣天气，行军缓慢。在翁金等待多日的费扬古等孙思克赶到，立刻改变计划，从孙军中挑出四千精锐会同其部急行军，并报于康熙。为协调各部，康熙放慢中路行军速度。
分进合击之策虽然威力大，但是各部之间的协调配合要求极高，尤其是在信息传递效率很低的古代，稍有不慎可能全盘计划都会落空，更有甚者可能会被各个击破。就像明朝和后金之间的萨尔浒战役，明朝使用的也是分进合击之策，因为协调不到位、信息不畅，虽然总体兵力占优势，结果却反被努尔哈赤各个击破，大败而归。
康熙率领的中路军走了差不多3个月，于5月初到达克鲁伦河，噶尔丹猝不及防，遥望清军势大，遂撒开丫子逃命。在清军的追击下，噶尔丹仓皇逃窜，被赶来的西路军费扬古诱至昭莫多。
昭莫多在如今蒙古国首都乌兰巴托以南约45公里的宗莫德市， “昭莫多”在蒙古语里是大树林的意思，资料中这么描述的 “其北大山，千仞壁立，山下平川广数里，林木断续，有河流其间，曲折环绕，其南山差低于北，渐陁而下，有小山横焉，战地也。”这里的山就是平均海拔约为2000米的肯特山， 昭莫多东边是丘陵，西边有河流。
肯特山脉位于蒙古国首都乌兰巴托东侧，蒙古民族的诞生地，蒙古人的祖先就生活在额尔古纳河一带，后来诞生的横扫欧亚的成吉思汗，年少时被仇家追杀，就是得到肯特山的庇护才活下来。可以说肯特山是成吉思汗心目中的圣山，统一蒙古高原后的成吉思汗多次回肯特山祭拜。肯特山因此也被称为“金色圣山”。传说成吉思汗死后，就葬在肯特山。
清军在山头居高临下，噶尔丹相当勇猛，骑兵下马，率军猛攻。双方激战半日，打得难解难分不分胜负。清军出奇兵攻噶尔丹侧翼和后部辎重，配合正面主力。噶尔丹军大乱，遂溃败。噶尔丹只带十数骑逃脱，但是他的妻子阿奴死在乱军之中。
昭莫多之战，噶尔丹大败。噶尔丹后来又派人偷袭翁吉(今蒙古阿尔拜赫雷东南)清军粮草基地，又被清军打爆，彻底失去了和康熙对垒的资本。
趁其病要其命。1697年，康熙又亲临宁夏，指挥清军征讨噶尔丹。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦被清廷策反，一代枭雄噶尔丹无奈之下喝药自尽，其部降清。至此，让康熙寝食难安的准噶尔叛乱，终于被平定。
昭莫多之战，噶尔丹之所以失败除了兵力上的劣势外，还有两个更重要的原因：
一、警惕性不足，存在侥幸心理，对清军的情报工作不到位，竟然对康熙御驾亲征毫不知情，认为清军不会远涉大漠来攻打他，结果被打了个措手不及。
二、战场指挥出现失误。敌强我弱，敌进我退，开始的时候知道打不过就逃，其实是对的。但是后来竟然中了清军的诱敌之术，而且还舍弃骑兵，下马步战，仰攻高地，有点不可思议，按说噶尔丹身经百战，不至于犯下如此错误，他却偏偏就犯了。
噶尔丹的平定，使得漠北的喀尔喀蒙古重新回到清朝的控制之下，维护了祖国的统一和领土的完整。
