截至2016年10月，南通高铁站为南通站，目前只通动车、普快列车，未通高铁列车。
从南通站有到南京站的火车，没有到南京南站的火车。每天21个车次，如图所示。
因部分列车运行调整，运行时间未显示。
车次 全程始发 全程终点 列车类型 出发站 发车时间 目的站 到达时间 耗时 距离
K570/K567次 重庆北 南通 有 合肥 02:08 南京 06:32 4小时32分钟 266 公里
K382/K383次 汉口 泰州 有 合肥 02:57 南京 06:51 4小时02分钟 266 公里
1434/1431次 成都 南京西 空调普快 合肥 04:25 南京 06:08 1小时51分钟 - 公里
K60/K61次 西安 扬州 空调快速 合肥 08:10 南京 12:07 4小时05分钟 - 公里
D477次 合肥 上海 动车组 合肥 08:24 南京 09:23 0小时59分钟 - 公里
D491次 合肥 南京 动车组 合肥 11:03 南京 12:02 0小时59分钟 - 公里
5065/5068次 阜阳 上海 空调普快 合肥 13:04 南京 14:52 2小时04分钟 - 公里
5065次 阜阳 上海 有 合肥 13:36 南京 15:24 1小时56分钟 156 公里
N436/N433次 安庆 上海 空调快速 合肥 13:53 南京 15:54 2小时09分钟 - 公里
D481/D484次 合肥 上海 动车组 合肥 14:14 南京 15:23 1小时09分钟 - 公里
D495/D498次 合肥 南京 动车组 合肥 15:55 南京 17:04 1小时09分钟 - 公里
D485/D488次 合肥 上海 动车组 合肥 18:53 南京 20:02 1小时09分钟 - 公里
K463/K462次 漯河 上海南 有 合肥 21:46 南京 00:13 2小时35分钟 156 公里
N408/N405次 六安 宁波 有 合肥 22:27 南京 00:21 2小时08分钟 156 公里
