可以在全国范围内任一公安出入境管理机构或者自助签注机上办理。2018年9月1日起，内地居民可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请换(补)发普通护照往来港澳通行证、往来台湾通行证可在全国范围内任一公安出入境管理机构异地申请往来港澳台团队旅游签注。
2019年4月1日起，中华人民共和国往来港澳通行证，实行全国通办。申请人异地申办赴港澳台团队旅游签注，还可在自助签注机上办理，立等可取。
《中华人民共和国公民出境入境管理法》
第一条为保障中国公民出入中国国境的正当权利和利益，促进国际交往，特制定本法。
第二条中国公民凭国务院主管机关及其授权的机关签发的有效护照或者其他有效证件出境、入境，无需办理签证。
第三条中国公民出境、入境，从对外开放的或者指定的口岸通行，接受边防检查机关的检查。
第四条中国公民出境后，不得有危害祖国安全、荣誉和利益的行为。
港澳通行证办理可以向常住户口所在地县级以上公安机关出入境管理部门申请。
第一次办理港澳台通行证不需要签注，在首次办理的时候已经公安局会默认签注。公安机关出入境管理部门单独受理签注申请后，应当在7个工作日内予以签发。因所在地区交通不便或者因特殊情况，不能按期签发的，经省级公安机关出入境管理部门批准，签发时间可以延长至20个工作日。
按照国家移民管理局有关规定在非常住户口所在地申请往来港澳通行证、签注的，公安机关出入境管理部门应当在20日内予以签发。如果非首次办理签注，则需要按照续签流程办理续签手续。需要本人亲自到当地公安分局出入境办证大厅去办理，或者网上办理续签。
法律规定
内地居民持往来港澳通行证和逗留签注，在香港或者返回内地期间，再次申请往来港澳通行证及逗留签注，可以由其原逗留签注受理审批部门，或者广东省公安厅深圳出入境签证办事处受理。
内地居民持往来港澳通行证和逗留签注，在澳门或者返回内地期间，再次申请往来港澳通行证及逗留签注，或者申请赴香港其他签注，可以由其原逗留签注受理审批部门，或者广东省公安厅珠海出入境签证办事处受理。
