有两个原因:
1速度方面，上海到北京比到厦门的更快。
北京到上海的是高铁 G字开头 时速约300公里，厦门到上海的是普速动车 D字开头 时速约200公里，这样速度每小时就慢了近百公里。
2.途经站点上海到北京比到厦门少，所以停车休息时间前者比后者少。
北京到上海 途经站点只有10个以下，厦门到上海 途经站点20个以上，停的站多了 加速-减速的过程本身就拉低了速度 加上停站的时间就更慢了。
上海到北京:
高铁5小时左右；
动车9小时左右；
特快15小时左右；
普通火车20小时左右；
飞机2小时左右。
厦门到上海-自驾车走高速 约18-19小时 全程约1050公里 ；
厦门到上海的动车有七趟，动车行驶时间约8小时50分。
京沪高速铁路由北京南站至上海虹桥站，全长1318千米，设24个车站，设计的最高速度为380千米/小时。截至2017年9月，京沪高速铁路的运营速度350千米/小时。
京沪高速铁路与既有京沪铁路大体平行，正线全长1318公里，较既有京沪线缩短145km，自北京南站西端引出，沿既有京沪铁路，经天津新设天津南站并与天津西站间修建联络线连接；
向南沿京沪高速公路，在京沪高速公路黄河桥下游3公里处跨黄河，在济南市西侧新设济南西客站；向南沿京福高速公路东侧南行，在徐州市东部新设徐州东站；
于蚌埠新淮河铁路桥下游1.2km处跨淮河设蚌埠南站，过滁河，在现有南京长江大桥上游20公里的南京大胜关长江大桥处越江进入新设的南京南站，终到上海虹桥站。天津、济南、徐州、蚌埠、南京、上海等枢纽地区通过修建联络线引入既有站。
京沪高铁上的和谐号：
在京沪高铁枣庄至蚌埠间的先导段联调联试和综合试验中，由中国南车集团研制的“和谐号”380A新一代高速动车组在上午11时28分最高时速达到486.1公里。
中国高速列车不断在相继铺通的高速铁路上刷新纪录，向世人自信地宣誓：中国高铁的世界领军地位难以撼动。
“和谐号”新一代高速动车组是目前世界上运营速度最快、科技含量最高的高速列车，最高运营时速为380公里，持续运营时速350公里，在气密强度、旅客界面、智能化等多个方面进行了系统创新，达到了世界领先水平，目前已在沪杭高铁批量投入使用。
以上内容参考 百度百科-京沪高速铁路
以上内容参考 中央人民政府-"和谐号"CRH380A打破世界铁路最高运营
京沪高速铁路由北京南站至上海虹桥站，全长1318千米，设24个车站，设计的最高速度为380千米/小时。
武广高速铁路自武汉站至广州南站，运营里程1069千米，共设置17个车站。
宁杭高速铁路由南京南站至杭州东站，全长256公里，设11站，设计速度350公里/小时。
现在京沪和宁杭都在进行二通道的建设。让我们拭目以待。
