3个。1、中山码头：又称下关码头，是位于南京市鼓楼区下关长江南岸的一座渡轮码头，现常年开行驶往对岸浦口码头的宁浦线轮渡。中山码头附近交通发达，常年开行驶往对岸浦口码头的宁浦线轮渡。宁浦线(即中山码头-浦口码头)是最主要的过江通道。
2、浦口码头位于南京市浦口区临江路5号，南京长江北岸，是一座渡轮码头，常年开行驶往对岸中山码头（又称下关码头）的轮渡，浦口码头与浦口火车站相连。
3、江北浦口码头它和南岸的中山码头，组成一条每天往返的客运专线。从每天早上五点起，两个码头之间对开第一班渡轮，直到深夜的23点的末班航线结束。渡轮从码头出发的间隔时间，基本在20分钟左右，从浦口码头横渡长江到对岸，大概也就十分钟左右。
南京港客运站分为中山码头、四号码头，两处相距不远。
中山码头主要是轮渡客运，公交10、31、34、54、150、302、307、809可到达。
四号码头是外地公交10、21、307、309、809、810可到达。。
南京港客运站乘船，既是方便的往来于南京与长江沿岸港口之间，同时也可以从南京开始对 长江三峡 的游览。南京每天还有长江客轮往返于重庆、汉口、南京和上海之间。
