2005年4月28日，南沙区下辖南沙街道，万顷沙镇，横沥镇，黄阁镇。
2008年2月4日，经广东省民政厅批准成立广州市南沙区珠江街道办事处。南沙区管辖南沙、珠江2个街道和黄阁、万顷沙、横沥3个镇。
2008年4月，经广州市委、市政府批准，成立新的中共广州南沙经济技术开发区工作委员会与广州南沙经济技术开发区管理委员会（与广东南沙出口加工区管理委员会合署办公），行政上为广州市人民政府的派出机构。承担广州南沙开发区建设指挥部管理职能，统一管理广州南沙经济技术开发区、广州南沙高新技术开发区和广东南沙出口加工区，不再保留广州南沙开发区建设指挥部和原广州南沙经济技术开发区管理委员会。
2011年9月7日，龙穴街道办事处挂牌设立。
2012年9月30日，国务院批复同意将广州市番禺区的东涌镇、大岗镇、榄核镇划归南沙区管辖。
2013年，南沙区下辖3个街道：南沙街道、龙穴街道、珠江街道；6个镇：万顷沙镇、黄阁镇、横沥镇、榄核镇、大岗镇、东涌镇。 区政府驻黄阁镇。
1、南沙区，广东省广州市市辖区。位于广州市最南端、珠江虎门水道西岸，是西江、北江、东江三江汇集之处；东与东莞市隔江相望；西与中山市、佛山市顺德区接壤；北以沙湾水道为界与广州市番禺区隔水相连；南濒珠江出海口伶仃洋。地处珠江出海口和大珠江三角洲地理几何中心，是珠江流域通向海洋的通道，连接珠江口岸城市群的枢纽，广州市唯一的出海通道，距香港38海里、澳门41海里。南沙区下辖6个镇和3个街道，总面积783.86平方公里。2013年常住人口62.51万人。地区生产总值908.03亿元
2、南沙新区是位于广东省广州市，依托珠三角地区。1990年6月，南沙确定为重点对外开放区域和经济开发区。1993年5月12日，国务院批准设立广州南沙经济开发区，2005年，南沙变身为独立行政区，2012年9月6日，国务院正式批复《广州南沙新区发展规划》。2012年10月11日，国务院新闻办举办中外记者新闻发布会，介绍国务院新近批复的《广州南沙新区发展规划》，南沙新区成为继上海浦东新区、天津滨海新区、重庆两江新区、浙江舟山群岛新区和兰州新区之后的第六个国家级新区。
3、南沙群岛是中国南海诸岛四大群岛中位置最南、岛礁最多、散布最广的群岛。主要岛屿有太平岛、中业岛、南威岛、弹丸礁、郑和群礁、万安滩等。立地暗沙是中国领土最南点。南沙群岛领土主权属于中华人民共和国，行政管辖属中国海南省三沙市。目前除中国大陆和台湾控制少数岛屿外，主要岛屿均被越南、菲律宾、马来西亚等国侵占。
