文山砚山机场现有通航执飞航线9条、12个国内及省内通航点，即昆明—文山、成都—文山、重庆—文山—贵阳、杭州—文山—版纳、长沙—文山—芒市、保山—文山、普洱—文山、文山—广州、上海—文山往返航线航班。
并正争取在2021年夏秋航班换季前开通“北京—文山—丽江”往返航线。
文山普者黑机场开通后，南方航空公司开通南宁—文山—昆明的往返航线。 飞行航班为每周一、三、五、七各一班。具体时间为：南宁07：30（起飞）——文山08：30（到达）；文山09：10（起飞）——昆明09：55（到达）。昆明10：50（起飞）——文山11：40（到达）；文山12：20（起飞）——南宁13：20（到达）。
