一、归属不同
1、北京同仁堂：北京同仁堂集团是北京市政府独资企业，主营业务包括现代制药业、零售商业和医疗服务，整个集团拥有六个二级集团，三家上市公司现在在A股和港股两地上市的同仁堂就是北京同仁堂集团旗下的一家子公司。
2、南京同仁堂：同仁堂集团另一家上市公司——同仁堂科技，公司主要从事医药技术开发、技术咨询、研究生物制剂，主要产品包括感冒清热颗粒、六味地黄丸、牛黄解毒片及感冒软胶囊等。
二、创建时间不同
1、北京同仁堂：北京同仁堂始创于1669年，至今已有349年的历史。
2、南京同仁堂：南京同仁堂成立于1926年，原来是北京同仁堂在南京的分公司。不过在1955年公私合营时期，南京同仁堂从同仁堂集团分拆，北京同仁堂归北京市政府，南京同仁堂归南京市政府。
三、产品服务不同
1、北京同仁堂：北京同仁堂的产品服务包括药品、保健食品、食品、化妆品、参茸饮片等产品。
2、南京同仁堂：南京同仁堂的产品服务包括片剂、丸剂、胶囊剂、颗粒剂、口服液等剂型产品。
同仁堂始创于1669年，至今已有348年的历史。北京同仁堂是全国中药行业著名的老字号。创建于1669年（清康熙八年），自1723年开始供奉御药，历经八代皇帝188年。在300多年的风雨历程中，历代同仁堂人始终恪守"炮制虽繁必不敢省人工，品味虽贵必不敢减物力"的古训，树立"修合无人见，存心有天知"的自律意识，造就了制药过程中兢兢小心、精益求精的严细精神，其产品以"配方独特、选料上乘、工艺精湛、疗效显著"而享誉海内外。
北京同仁堂始终坚持“以现代中药为核心，发展生命健康产业，成为国际知名的现代中医药集团”的发展战略，以“做长、做强、做大”为方针，以创新引领、科技兴企为己任，形成了现代制药业、零售商业和医疗服务三大板块，构建了六个二级集团、三个院和两个储备单位的企业架构，目前拥有三家上市公司。
集团共拥有药品、医院制剂、保健食品、食品、化妆品等1500余种产品，28个生产基地，83条现代化生产线，一个国家工程中心和博士后科研工作站。
随着同仁堂的快速发展，品牌的维护和提升、文化的创新与传承也取得了丰硕成果，“同仁堂中医药文化”已列入首批国家级非物质文化遗产名录，同仁堂既是经济实体又是文化载体的双重功能日益显现。
同仁堂作为中国第一个驰名商标，品牌优势得天独厚。参加了马德里协约国和巴黎公约国的注册，受到国际组织的保护。在世界50多个国家和地区办理了注册登记手续，是第一个在台湾注册的大陆商标。
真正的同仁堂是北京同仁堂，在北京市朝阳区，是全国中药行业著名的老字号。创建于1669年（清康熙八年），自1723年开始供奉御药，历经八代皇帝188年，其产品以“配方独特、选料上乘、工艺精湛、疗效显著”而享誉海内外。同仁堂作为中国第一个驰名商标，品牌优势得天独厚。参加了马德里协约国和巴黎公约国的注册，受到国际组织的保护。在世界50多个国家和地区办理了注册登记手续，是第一个在台湾注册的大陆商标。面对世界经济一体化的新形势，同仁堂的发展战略定位是：以现代中药为核心，发展生命健康产业，成为国际驰名的中医药集团。