主要区别是，性质不同、主要负责人不同、主要职能不同，具体如下：
一、性质不同
1、中统
中统是国民党中央的情报机构。
2、军统
军统是国民政府军事委员会的情报机构。
二、主要负责人不同
1、中统
局长：陈立夫、张厉生、朱家骅。
2、军统
局长：戴笠、毛人凤。
三、主要职能不同
1、中统
中统局的全称为国民党中央执行委员会调查统计局，是抗日战争时期发展起来的国民党特务机关。它和“军统”都是蒋介石实行法西斯独裁统治的重要工具。中统局在国民党各省、市、县党部都有有分支机构，以党政机关、文化团体和大中学校为活动重点，特务活动遍及全国。他们网络党羽、特务的手段和对中国共产党的破坏活动无所不用其极。他们捕风捉影，乱抓乱捕，制造了许多冤狱。
2、军统
军统是“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党政府为维护其独裁统治而设立的特务组织。军统局内勤组织有军事情报、党政情报、电讯、警务、惩戒、训练和策反等八处、六室、一所；外勤组织在各在城市设“区”，在各省设“站”，在一些重要城市“特别班”。其基本组织为“组”及直属情报人员。
参考资料来源：百度百科-中统
参考资料来源：百度百科-军统
1、军统
军统指国民政府军事委员会调查统计局，是中华民国情报机关之一。1938年成立，1950年解散的“中国台湾地区”情报机关之一。1949年，军统主要机构撤至台湾。中华人民共和国中央人民政府对留在大陆的军统进行清洗，到五十年代中期，军统在大陆大致被肃清。
2、中统
中统指中国国民党中央执行委员会调查统计局，是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构，与“军统”并称国民党两大特务组织。
1947年4月，中统改为“党员通讯社”1949年3月，又改为台“内政部调查局”，隶属于台当局行政管理机构。
军统的组织形式
军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。组是军统局特工组织的基本单位。由于任务不同，组又分普通组、潜伏组、行动组、策反组、随军组、防谍组等。每组通常由十人左右组成。
军统局内勤组织共有八处、六室、一所。“军统”的特工人员分布到国民党的军队、警察、行政机关以及交通运输等各个部门。此外，军统局还设有电讯组织、武装组织、训练机构以及在军、政、警、宪等机关中的控制运用组织和“特种”组织。如中共一大代表张国焘主持的特种政治问题研究所。
中统的全称是中国国民党中央执行委员会调查统计局，军统的全称是国民政府军事委员会调查统计局。
中国国民党中央执行委员会调查统计局是国民党CC系领导人陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。“中统”是国民党党务部门控制的特务机构，与“军统”并称国民党两大特务组织。
国民政府军事委员会调查统计局，中华民国情报机关之一。1938年成立，1950年解散的中华民国情报机关之一。早期的领导人为戴笠，戴笠死后，1946年，由毛人凤继任。军统局的组织形式是局-区-站-组-队，有的地方设有相当区、站的办事处。
扩展资料：中统与军统的区别：
中统是国民党中央的情报机构。军统是国民政府军事委员会的情报机构。
中统:“中国国民党中央执行委员会调查统计局”的简称。国民党C.C系陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。中统的前身是由C.C系分子所组成的国民党中央组织委员会党务调查处。
1937年，党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由C.C系分子徐恩曾任处长。
军统:“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。
1938年8月成立。前身是“军事委员会密查组”（1927年建）、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处（1937年建）。主要负责人为戴笠。军统局内勤组织共有八处、六室、一所；外勤组织在各大城市设“站”，在各省设“区”，在一些重要城市设“特别班”。
其基本组织为“组”及直属情报人员。特工人员最多时近五万名，分布到国民党的军队、警察、行政机关、交通运输机构，乃至驻外使领馆，专门以监视、绑架、逮捕和暗杀。
在四十年代以前，中统的势力非常大，因为实际上国民党的各级基层党组织，都是中统的特务网延伸。许多基层党部的负责人，本身就是中统的基层负责人。
抗战以后，由于国民党的情报工作对象有所改变，从以对付中国共产党向对付日本侵略转变，因此中统的地位开始下降，而军统的地位不断提升。
同时，由于大片国土沦陷，中统的组织系统严重破坏，而其又不能及时的联络这些基层组织，逐渐为军统所取代。
加之军统负责人戴笠对蒋有知遇之恩和师生之情，对蒋言听计从。而中统主要为国民党CC系的大佬陈立夫、陈果夫哥俩所掌握，在人事上蒋不能直接控制，也逐渐失去了蒋的扶持。
到了国民党退台后，中统实际上已经丧失了全部组织系统。而军统的组织系统倒是得以保存和发展。由于中统与军统在争夺秘密工作的主导权上，进行了长期的明争暗斗，双方的合作非常有限。
参考资料来源：百度百科-中统
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