微生物检测有一般微生物如细菌总数、霉菌和酵母计数检测，以及致病菌检测，在一定的培养条件下（相同的培养基、温度以及培养时间），同种微生物表现出稳定的菌落特征。
根据微生物的代谢特点，在培养基中加入某种指示剂或化学药品。与选择培养相比，鉴别培养基的鉴别所得结果的范围比较小，一般可直接测定某微生物的种类。
选择培养一般是通过观察微生物的同化作用类型或某一特征进行间接判断，得到的微生物往往并不只有一种，但是能够大致确定这些微生物存在的共有特征从而对其分类。
微生物检验范围
国内外开展微生物检验的食品种类较多，食品分类方法也不尽相同。总的来看涉及微生物检验的食品种类主要有：奶制品、预烹煮食品、饮用水、蛋制品、水果、谷物、婴幼儿食品、肉及肉制品、软体动物、禽肉、贝类、白明胶、香草（药）。
即食食品、罐头食品、调味品，粉类制品、豆制品、冷冻饮品、糖果、海鲜、甜点、蔬菜、藻类、食疗食品、米面制品等。
我国开展微生物检验的重点食品种类为：奶制品、罐头食品、调味品、蛋制品、淀粉类制品、发酵和非发酵性豆制品、冷冻饮品、糖果、饮用天然矿泉水等，其中食糖以及保健品的微生物检验为我国所独有。
血钾、血磷、总胆红素、血尿素氮、血肌酐、血糖、血淀粉酶、血红蛋白、白细胞计数、血小板计数、PH(动脉血气分析)、PO2PCO2肌钙蛋白等。微生物检验包括：1、食品类（如菌落总数、大肠菌群、霉菌、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌等项目）。
2、健康类（如人体微生物检测、肠道微生物检测、妇科微生物检测等）。
3、农业类（如土壤微生物检测）等。
食品微生物的检验。食物在生产过程中以及放置过程中会受到环境中微生物的损坏或影响，在部分研究中，将食品中细菌数量对食品的损坏程度作为食品安全检测的首要内容。在食品微生物的检验过程中，我们主要对人体有害微生物进行检验，其中在食品安全检验过程中,因为食品中有多种微生物共存现象，所以在检验前，微生物检验员要把不同的菌体进行分离，这样才能更加清楚的了解各种微生物的数量及菌体的分布情况，包括生产型食品微生物，如醋酸杆菌，酵母菌等和使食物变质的微生物,如霉菌、细菌等和食源性病原微生物如溶血性大肠杆菌，肉毒杆菌等。对食品原辅料微生物的控制和产成品微生物的检验是保证食品安全的重要途径。