区别如下：
1、交配概率不同：
随机交配是指在一个有性繁殖的生物群体中，任何一对雌雄个体不受任何选配的影响而随机结合，任何一个雌性或雄性的个体与任何一个异性个体的交配概率相同。而自由交配这种交配方式实际上是有选配在其中起作用，个体的之间交配时是有选择性的。
2、应用场合不同：
在畜牧实践中，完全不加任何选配而随机交配是不多见的。但就某一性状而言，随机交配的情况还是不少的。而在自然界中，自由交配是很常见的，自然交配有利于优劣胜汰，符合大自然的发展规律。
3、子代的基因规律不同：
随机交配的遗传效应是能使群体保持平衡。任何一个大群体，不论基因型频率如何，只要经过随机交配，基因型频率就或快或慢地达到平衡状态。自由交配是各个体间均有交配机会，即各种基因型之间可交配，产生子代的情况应将各自由交配后代的全部结果。子代的基因的组合都有一定的规律。
孟德尔遗传规律：
孟德尔遗传规律由奥地利帝国遗传学家格里哥·孟德尔在1865年发表并催生了遗传学诞生的著名定律。他揭示出遗传学的两个基本定律——分离定律和自由组合定律，统称为孟德尔遗传规律。
孟德尔于1854年夏天开始用34个豌豆株系进行了一系列实验，他选出22种豌豆株系，挑选出7个特殊的性状（每一个性状都出现明显的显性与隐性形式，且没有中间等级），进行了7组具有单个变化因子的一系列杂交试验，并因此而提出了著名的3：1比例。
自由交配指群体中的个体自主的交配，不受人的干扰，但不是随机的，因为个体的之间交配时是有选择性的。随机交配指人为的把一公和一母放在一起进行交配，搭配是随机的，动物没有选择的权利，与动物本身的喜好无关。在一个种群中
AA=36/100
Aa=48/100
aa=16/100
A的基因频率=60/100，a的基因频率=40/100；
既然是随机交配，那下一代的基因频率是不变的，
下一代AA=60/100乘以60/100等于36/100
；
Aa=2乘以60/100乘以40/100等于48/100
；
aa=40/100乘以40/100等于16/100。
