人类补完计划在动画片中却始终没有给出明确的答案。
比较通行的观点是：人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，所以也就非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉丝之卵”中。
唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——成为永生的“神”。人类补完计划就是为了实现这个神圣目的而创立的。
剧情简介
故事描述的是一个有关“第二次冲击”的记事。公元2000年有颗巨大的陨石坠落在南极冰山附近（政府宣称），高温造成部分冰块溶化，连带使得全球水位上涨，接下来的天灾人祸更是连绵不断，公元2015年又出现了新的入侵者，一种似人的巨大机械战斗群，人们将之称为”使徒”。
大概是影射他们是上帝派来的使者，要来消灭作恶多端的人类吧。人类此刻的各种军事武器对使徒可说是毫无用处，为此，当时地球的政治中心决定重用NERV这个组织，他们以最精密的技术，花费巨资研究出一种以驾驶员的神经直接控制的”泛用人形决战兵器”。
这种高科技产物将驾驶员与机器做了精细的契合，籍由意志及身体的反映来控制EVA。不过由于当时这些技术还在研发阶段，所以有许多障碍还无法立即克服。而且因为并不是每个人都能自由的驾驶EVA。
驾驶人选一直是NERV最头疼的地方，除了符合条件的人难觅，而且还必须经过几个月训练才能和EVA达到同步活动的基本能力。而后，在世界上发现了3名可以驾驶EVA的少男少女，人们把希望都寄托在了他们身上。
关于“人类补完计划”及其内容，一直是“EVA”研究者们争论的焦点，因为这个“计划”是整个故事的基础环节。然而，在动画片中却始终没有给出明确的答案。目前比较通行的观点是：人类（无论是肉体还是心灵）都是由脆弱的物质构成的，所以也就非常容易受到伤害，而在人与人之间，心灵的世界是彼此隔绝的，要使人类向更高的领域进化，就必须使人的心灵摆脱躯体的束缚，重新回到人类的诞生之地“莉莉斯之卵”中。唯有如此，才能最终拆除人与人之间的心灵屏障，使不同的心灵世界能够相互补充，走向进化的终点——成为永生的“神”。人类补完计划就是为了实现这个神圣目的而创立的。
另一种观点认为：《圣经》中记述了伊甸园里有着被称为“智慧之树”和“生命之树”的树木。因为受到化身为蛇的邪神诱惑，亚当和夏娃偷吃了被视为禁忌的“智慧之果”，从而拥有了神才有的智慧和“羞耻之心”。神害怕他们在偷吃“生命之果”而获得永生。因此将亚当和夏娃赶出了伊甸园。并命令智天使（Cherubim），手持悬垂之剑，把守伊甸园的大门（Heaven’s
Door）。“人类补完计划”的最终目的是打败把手大门的天使，取得“生命之果”，使人类得到永恒的生命，所以又有“迈向神之道”计划的别称，想了解更多EVA的内容可以关注微信公众号“人类补完计划续”。
人类补完计划的最终目的就是消除人与人之间的心之壁，实现人类的最终进化。背后也有一个隐藏目的，那就是selee企图通过人类的灭亡来赎罪。
前面十几个使徒都拥有生命之果，而人类选择了智慧之果，没有能源维持巨大的整体，没有永恒的生命，只能以一个个个体形式存在，无论是使徒还是人类都是不完整的存在，所以几方的目的都是人类补完，补完计划就是把几十亿人合为一个个体，这样人类就只剩下一个意志了。
但是各方都处于自己利益的考虑，希望在补完是对自己最有利。
在圣经中人类被视为恶魔撒旦与莉莉丝的后代，所有也有了人生而有罪的说法，所以神秘组织selee希望以这种方式进行赎罪。
selee持有死海文书，上面记载了很多未知的信息，他们以此为指导，拟定了人类补完计划。他们利用搭载着s2机关的EVA，对莉莉丝执行处刑仪式。
s2机关实际上就是生命之果，拒死海文书记载，所有使徒被消灭后，生命之树会重新出现，它的果实也会出现。所以一开始nerv造EVA打使徒并不是为了保护人类，而是为了让生命之树重新出现，从而实现自己的目的。
