你好，很高兴为你解答：
肉眼难以看清，需要借助光学显微镜或电子显微镜才能观察到的一切微小生物的总称。微生物包括细菌、病毒、真菌和少数藻类等。（但有些微生物是肉眼可以看见的，像属于真菌的蘑菇、灵芝等。）病毒是一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”，但是它的生存必须依赖于活细胞。根据存在的不同环境分为空间微生物、海洋微生物等，按照细胞结构分类分为原核微生物和真核微生物。
目前,对于微生物分类的方法有很多,但是就微生物到底分为那几类：通常分为细菌、真菌、放线菌、螺旋体、支原体（霉形体）、衣原体、立克次氏体、病毒这么几大类，现在人们又把朊病毒(锯蛋白)也加进来了，它被怀疑是疯牛病的病原。大致就是这样，没有发现更新的分类法。
微生物分类目前采用的当然还是其结构的不同进行分类，分为
原核细胞型
真核细胞型
非细胞型
其中原核细胞型又根据其生物学特性的不同分为不同的类别：细菌、放线菌、螺旋体、支原体、衣原体、立克次氏体。
当然在这种分类上有些是有不同见解的，比如放线菌，由于其有菌丝、孢子、并以孢子分裂方式进行繁殖，以前把它归为真菌类。
而现在认为它只有一个拟核，应和细菌相似，所以认为它是一种界于细菌和真菌之间的微生物，在分类上仍属于原核细胞型。随着人们对微生物的研究和认识程度的逐渐深入，在不同时期人们对微生物的分类也不一致，目前人们倾向于微生物分类的三域学说。
人类在发现和研究微生物之前，把一切生物分成截然不同的两大界－动物界和植物界。
随着人们对微生物认识的逐步深化，从两界系统经历过三界系统、四界系统、五界系统甚至六界系统，直到70年代后期，美国人Woese等发现了地球上的第三生命形式－古菌，才导致了生命三域学说的诞生。该学说认为生命是由古菌域（Archaea）、细菌域（Bacteria）和真核生物域（Eucarya）所构成。
古菌域包括嗜泉古菌界（Crenarchaeota）、广域古菌界（Euryarchaeota）和初生古菌界（Korarchaeota）；细菌域包括细菌、放线菌、蓝细菌和各种除古菌以外的其它原核生物；真核生物域包括真菌、原生生物、动物和植物。
微生物的种类繁多，有数十万种以上。按其大小，结构，组成等，分为三大类：
1。非细胞型微生物：最小。无典型的细胞结构，无产生能量的酶系统，只在活细胞内生长繁殖。核酸类型为DNA活或RNA,两者不同时存在。病毒属于这一类。
2。原核细胞型微生物：这类微生物的原始核为环状裸DNA团状结构，无核膜，核仁，细胞器很不完善，只有核糖体。
DNA和RNA同时存在。这类微生物种类繁多，有细菌，支原体，衣原体，立克次氏体，螺旋体和放线菌。由于后五类结构和组成与细菌相似。将其列入广义细菌范畴。
3。真核细胞型微生物：细胞核分化程度高，有核膜与核仁，细胞器完整。真菌属此类。
不同于以上三类微生物的一个特殊：前一时期的疯牛病的病原体是朊粒（prion)又称传染性蛋白粒子，是医学生物学领域中至今未彻底弄清的一种蛋白质传染因子。
其最主要成分是一种蛋白酶抗性蛋白（PrP),至今未发现核酸，对各种理化因素抵抗力强。具有传染性，潜伏期长。在人和动物中引起海绵状脑病（TSE）为特征的致死性中枢神经系统的慢性退化性疾患。1997年Prusiner因为发现PrP和TSE高度相关，并且对PrP进行了生化，分子生物学，免疫组化和转基因动物实验而获得诺贝尔奖。
