常用的酶切方法有单酶切、双酶切和部分酶切等几种。（1）单酶切法：这是用一种限制性内切核酸酶酶切DNA样品。若DNA样品是环状DNA分子，完全酶切后，产生与识别序列数（n）相同的DNA片段数，并且DNA片段的两末端相同。若DNA样品本来就是线形DNA片段，完全酶切的结果，产生n+1个DNA片段数，其中有两个片段的一端仍保留原来的末端。
（2）双酶切法：这是用两种不同的限制性内切核酸酶酶切同一种DNA分子的方法。DNA分子无论是环状DNA分子，还是线形DNA片段，酶切结果，DNA片段的两个黏性末端是不同的（用同尾酶酶切除外）。环状DNA分子完全酶切的结果，产生的DNA片段数是两种限制性内切核酸酶识别序列数之和。线形DNA片段完全酶切的结果，产生的DNA片段数是两种限制性内切核酸酶识别序列数之和加1。
（3）部分酶切：部分酶切指选用的限制性内切核酸酶对其在DNA分子上的全部识别序列进行不完全的酶切。导致部分酶切的原因有底物DNA的纯度低、识别序列的甲基化、酶用量不足、反应时间不够以及反应缓冲液和温度不适宜等。部分酶切会影响需要的DNA片段的得率。但是从另一方面说，有时根据重组DNA的需要，还专门创造部分酶切的条件，以获得需要的DNA片段。
图4-2：DNA酶切电泳图
酶切法原理：
限制性内切酶能特异地结合于一段被称为限制性酶识别序列的DNA序列之内或其附近的特异位点上，并切割双链DNA。可分为三类：
Ⅰ类和Ⅲ类酶在同一蛋白质分子中兼有切割和修饰（甲基化）作用且依赖于ATP的存在。Ⅰ类酶结合于识别位点并随机的切割识别位点不远处的DNA，而Ⅲ类酶在识别位点上切割DNA分子，然后从底物上解离。
Ⅱ类由两种酶组成： 一种为限制性内切核酸酶（限制酶），它切割某一特异的核苷酸序列； 另一种为独立的甲基化酶，其修饰同一识别序列。
Ⅱ类中的限制性内切酶在分子克隆中得到了广泛应用，它们是重组DNA的基础。绝大多数Ⅱ类限制酶识别长度为4至6个核苷酸的回文对称特异核苷酸序列（如EcoRⅠ识别六个核苷酸序列：5'-
G↓AATTC-3'），有少数酶识别更长的序列或简并序列。
Ⅱ类酶切割位点在识别序列中，有的在对称轴处切割，产生平末端的DNA片段（如SmaⅠ：5'-CCC↓GGG-3'）；有的切割位点在对称轴一侧，产生带有单链突出末端的DNA片段称黏性末端，如EcoRⅠ切割识别序列后产生两个互补的黏性末端。
扩展资料：
限制性酶切分析法是指基因组或一段核酸用限制性内切酶消化产生的片段经电泳等方法分离形成独特的条带图谱，对DNA序列的特征进行的分析。
限制性酶是生物体内能识别并切割特异的双链DNA序列的一种内切核酸酶。它是可以将外来的DNA切断的酶，即能够限制异源DNA的侵入并使之失去活力，但对自己的DNA却无损害作用。
限制酶是基因工程中所用的重要切割工具。科学家已从原核生物中分离出了许多种限制酶，并且已经商品化，在基因工程中广泛使用。
根据限制酶切割的特点，可将它们分为两大类：一类是切割部位无特异性的；另一类是可特异性地识别核苷酸序列，即只能在一定的DNA序列上进行切割。
参考资料来源：百度百科-限制性酶切分析法
对引物进行酶切就是：切除引物是用RNA酶,因为DNA合成的引物是RNA而不是DNA,RNA酶可将其水解,然后留下空隙,再用DNA polⅠ催化,以dNTP为原料,生成相当于引物长度的DNA链,最后由DNA连接酶将DNA片段链接形成完整的子链。
