红曲可用于酿酒、制醋、做豆腐乳的着色剂和调味剂，也可做中药。在酶制剂工业中也可用其生产糖化酶制剂。近年来，还发现红曲产生的活性物质具有降胆固醇、降血压以及预防和治疗其他疾病的功能。
特性
红曲霉以其能产大量的天然红色素而受到关注。我国人民在12世纪的宋代，就已经根据红曲霉具有耐酸和耐高温的特性，采用明矾调节酸度和用酸米抑制杂菌的高温培养法，选择培养获得了纯度很高的红曲。长期以来，国内外微生物工作者对红曲霉的研究大多集中在传统的酿酒、制醋、着色剂以及进行关于生产淀粉酶、糖化酶等的研究与探讨。
红曲霉菌是一种对人类有益的真菌，红曲霉菌能使大米发酵制备而成红曲米。红曲古代称丹曲，既是中药，又是食品。红曲有消食活血、健脾燥胃之能，且具有降血压、降血脂、降血糖、抗菌等功效。红曲是一种纯天然的食用色素，可用来做红烧肉、制做腐乳、红曲酒等红色的食品，此外红曲还可以当成酒曲直接用于酿酒。
红曲霉不耐高温，最适温度在26~42℃左右。
红曲霉是腐生真菌，生长的最适pH为3.5~5，能耐pH3.5，尤嗜乳酸。生长温度为26~42℃最适温度32℃~35℃，能耐10%乙醇。红曲霉的糖化型β-淀粉酶活性较强，故可用来生产红色麦芽糖。红曲霉的蛋白酶活性较高，故可用红曲腌渍鱼、肉、豆腐等高蛋白食品。
红曲霉形态特征菌丝体初期在粳米粒内部生长，无色，渐变为红色，并使米粒变成紫红色。菌丝体大量分枝，含橙紫红色颗粒，在分枝的顶端产生单个或成串的分生孢子，孢子呈球形或椭圆形，6.5-10.5μm×7-9μm，闭囊壳橙红色，近球形，含有多数子囊，子囊内含8个孢子，直径25-75μm，子囊孢子卵形或近球形，光滑，透明，无色或漆红色，5.5-6μm×3.5-5μm。
