朱棣生母是马皇后即孝慈高皇后。
马皇后一共有五个儿子，两个女儿，朱棣是第四个二子。
马皇后的五个儿子分别是：
长子：懿文太子朱标
次子：秦愍王朱樉
三子：晋恭王朱棡
四子：明成祖朱棣
五子：周定王朱橚
两个女儿分别是：
长女：宁国公主，洪武十一年（1378年）下嫁梅思祖族子梅殷。宣德九年（1434年）薨。
次女：安庆公主，洪武十四年（1381年）下嫁欧阳伦。
史书记载：
明成祖生母的异闻传出较晚，最早见于《南京太常寺志》，朱彝尊指出是天启三年（1623）所修，距朱棣出生已有二百六十余年。在此前的《明太祖实录》记载，马皇后生皇子五人，“长曰标，懿文太子，次樉，封秦王，次棡，封晋王，次今上，次橚，封周王”。
皇女二人“宁国公主、安庆公主。”《明史·成祖本纪》因之，云：“文皇帝讳棣，太祖第四子也。母孝慈高皇后。”朱棣也自称是马皇后所生的嫡子，《燕王令旨》说：“顾予匪才，乃父皇太祖高皇帝亲子，后孝慈高皇后亲生，皇太子亲弟，忝居众王之长”。
建文帝朱允炆也曾说，朱棣是孝康皇帝朱标同母弟。朱希祖在《再驳明成祖生母为碽妃说》中认为，《南京太常寺志》中对于朱元璋众皇子的生母记载失实不可信，朱棣生母应为马皇后。
以上内容参考百度百科-朱棣
以上内容参考百度百科-孝慈高皇后
朱棣生母的四个版本：1、朱元璋的原配马秀英马皇后。2、朱元璋的妃子，高丽女子碽妃。古代帝王之家，正妻生的儿子称嫡子，非正妻生的儿子称庶子。按照封建宗法制度，皇帝死了，皇位要由嫡长子继承。即使嫡长子死得早，如果嫡长子有儿子，也要由嫡长子的嫡长子来继承，其它庶子则不得觊觎。如果朱棣是马皇后所生，他自然是嫡子，能名正言顺的继承皇位，但为什么他并没有被传让为皇帝，而是从侄儿手中夺取的皇位呢?莫非他不是马皇后所生，他的亲生母亲另有其人?关于马皇后是朱棣的生母的证据：《历代陵寝备考》中有记载，后生懿文太子、泰王樉、晋王桐、成祖、周王。这里说得十分清楚了，朱棣为朱元璋与马皇后所生的第四个儿子。并且朱棣每自称曰：‘朕高皇后第四子也’。但有秘史称，马皇后根本就没有生育能力，一世无子，正史上记载的包括太子朱标、燕王四子朱棣在内，几个儿子都是别人所生。马皇后采用了过去皇家最惯常的手法，把别的妃子所生育的孩子据为己出。关于高丽女子碽妃是朱棣的生母的证据：民国学者陈作霖《养和轩随笔》：予幼时游城南大报恩寺，见正门内，大殿封闭不开。问诸父老，云：‘此成祖生母碽妃殿也。妃本高丽人，生燕王，高后(马皇后)养为己子。遂赐(碽妃)死，有铁裙之刑，故永乐间建寺塔以报母恩。’《枣林杂俎》中说：‘孝慈高皇后无子，即懿文太子(朱标)及秦、晋二王，亦李淑妃产也。乃仅齐东之语，不尽无稽也。’但事实上朝鲜向中国称臣送贡女是在1365年，而史学上明确记载，朱棣生于1360年，其时朱棣已5岁了，难道朱棣是她从朝鲜带来了的?显然是不可能的，根据这种推测，朱棣生母是李氏的说法也不靠谱。所以朱棣的生母究竟是谁，至今是一个争论。