1.主体资格不同
派出机关和派出机构最大的区别在于，派出机关是独立的行政主体，能够独立承担责任，而派出机构则不是独立的行政主体，不能以自己的名义行使权力，除非它有法律法规的明确授权。
2.设立机构不同
派出机关是由有权地方人民政府在一定行政区域内设立，代表设立机关管理该行政区域内各项行政事务的行政机构。
派出机构是由有权地方人民政府的职能部门在一定行政区域内设立，代表该设立机构管理该行政区域内某一方面行政事务的行政机构。
3.职能范围不同
派出机关有三类：第一，省、自治区人民政府设立的派出机关（行政公署） 第二，是县、自治县的人民政府设立的区公 第三，是市辖区、不设区的市的人民政府设立的街道办事处
派出机构，主要是根据部门行政法的规定设立并赋予行政职权。部门行政法根据有关行政领域的具体情况对派出机构的设置和职权作出规定。派出机构在日常生活中则很多，例如派出所、工商所。
【法律分析】：一是各级政府驻外办事机构，如驻京办、驻外办等二是政府在特殊经济区域或特殊地区的派出机构，如各类开发区(含高新技术产业园区、经济开发区、出口加工区)及风景名胜区管理机构等三是政府职能部门设立的派出机构，如公安分局与派出所、国土分局与国土所、工商分局与工商所、地税分局与地税所、司法所等。
【法律依据】：《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》 第六十八条 省、自治区的人民政府在必要的时候，经国务院批准，可以设立若干派出机关。县、自治县的人民政府在必要的时候，经省、自治区、直辖市的人民政府批准，可以设立若干区公所，作为它的派出机关。市辖区、不设区的市的人民政府，经上一级人民政府批准，可以设立若干街道办事处，作为它的派出机关。
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派出机构，是国家行政机关依法在一定区域内设立的分支机构或代表机构。公安派出机构即派出所。法律依据：
《中华人民共和国民法典》第七十四条法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。
分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
