金针菇一定煮熟再吃，否则容易引起中毒。
因为新鲜的金针菇中含有秋水仙碱，人食用后，容易因氧化而产生有毒的二秋水仙碱，它对胃肠黏膜和呼吸道黏膜有强烈的刺激作用。一般在食用30分钟至4小时内，会出现咽干、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等症状；大量食用后，还可能引起发热、水电解质平衡紊乱、便血、尿血等严重症状。
秋水仙碱易溶于水，充分加热后可以被破坏，所以，食用鲜金针菇前，应在冷水中浸泡2小时；烹饪时把要金针菇煮软煮熟，使秋水仙碱遇热分解；凉拌时，除了用冷水浸泡，还要用沸水焯一下，让它熟透。另外，市场上出售的干金针菇或金针菇罐头，其中的秋水仙碱已被破坏，可以放心食用。
金针菇要煮5到10分钟。
在做金针菇之前，首先要仔细清洗，为了保证金针菇的营养，在煮的时候一定要注意时间，煮的时间过长，会造成营养流失，一般情况下煮5到10分钟，金针菇就能够熟透，而且还能够保持较好的营养。
不要以为金针菇表面很干净，随便冲洗一下就了事，金针菇的清洗一定要彻底扒开来洗，然后反复冲洗多次，才能降低微生物和农残的污染。盐水浸泡可能只起到心理作用，若是农药残留超标，用盐水浸泡基本没用。
挑选金针菇的方法：
挑选时首先要挑选颜色看上去微黄、均匀、无杂色的金针菇，如果颜色太黄，有可能是已经长老了。另外，长约15厘米左右，菌盖未开的金针菇比较鲜嫩。有些金针菇可能用硫黄熏过，在购买时闻一闻，如果有闻到刺鼻的味道就不要购买。
金针菇是可食用的菌类，菌盖小巧细腻，黄褐色或淡黄色，干部形似金针，故名金针菇。它不仅味道鲜美，而且营养丰富，是拌凉菜和火锅食品的原料之一。金针菇含有人体必需氨基酸成分较全，其中赖氨酸和精氨酸含量尤其丰富，且含锌量比较高。
