一、适用条件不同
1、普通四格表是根据不同的实验条件分类，得到不同的实验结果的资料。如：按照是否吸烟分组，得到是否患癌症的人数。
2、配对四格表是先将实验对象配对后随机安排到两个不同处理组，所得的二分类结果的资料。例如，同一批对象两个时间点（或两个部位）的测定，或同一对象用两种方法（或两种仪器、两名化验员、两种条件）的测定，所得的二分类（如阳性、阴性）结果的资料。
二、表格形式不同
1、普通四格表为独立二分样本表格形式，横标题和纵标题为不一致的分类，如：横标题为是否吸烟，纵标题为是否患肺癌。
2、配对四格表为相关样本表格形式，横标题和纵标题为相关或相同的分类，如：阳性和阴性。
三、卡方检验方法不同
1、普通四格表可以采用卡方检验，先计算边际概率，再给出理论数，最后按照下列公式进行计算。
2、配对四格表的卡方检验公式如下。
四、应用的检验不同
1、普通四格表应用独立二分样本检验。
2、配对四格表应用相关样本检验。
参考资料：
百度百科——四格表
用配对四格表的情况：
配对四格表为相关样本表格形式，横标题和纵标题为相关或相同的分类。
普通四格表为独立二分样本表格形式，横标题和纵标题为不一致的分类。
配对四格表是先将实验对象配对后随机安排到两个不同处理组，所得的二分类结果的资料。
普通四格表是根据不同的实验条件分类，得到不同的实版验结果的资料。
总结：独立四格表资料检验
四格表资料的卡方检验用于进行两个率或两个构成比的比较。
专用公式：若四格表资料四个格子的频数分别为a，b，c，d，则四格表资料卡方检验的卡方值=n(ad-bc)^2/(a+b)(c+d)(a+c)(b+d)，（或者使用拟合度公式）。
自由度v=（行数-1）（列数-1）=1。
