《通天狄仁杰》结局是：
慕容清请求单独与狄仁杰说话，众人散去后，二人互吐衷肠，慕容清纠结于父亲与狄仁杰的关系中，最终选择了跳崖身亡，狄仁杰肝肠寸断心碎不已。
皇上赶回皇宫中，濮王阴谋败露被抓，皇上下令将其终身囚禁于芙蓉园内。狄仁杰带着墨雨红巾回到汴州，怀着对慕容清的思念和爱继续生活。
评价：
《通天狄仁杰》故事情节跌宕起伏，开篇即紧紧抓住观众的眼球。除了烧脑悬疑的诡谲剧情，曲折动人的恋爱故事之外，该剧还呈现了少年狄仁杰与慕容清荡气回肠的恋情。而剧中脑洞大开的剧情，跌宕起伏的情节也让观众欲罢不能。
作为一部悬疑探案剧，《通天狄仁杰》彻底扭转该类型电视剧惯有的故事发展模式，以天马行空的剧情为观众展开了一段与众不同的探案之旅，紧张烧脑之余又多了些风趣搞笑，常常令观众忍俊不禁。
潜龙王知道慕容清宁愿死在生死门里的密室里，也不愿回来，慕容清没有否认。潜龙王感慨大唐有狄仁杰是百姓的福气，他答应慕容清不到万不得已，不会伤害狄仁杰。潜龙王给狄仁杰送来一封信，信中说世上只有能医不自医能治疗蓝凌的眼睛，他要求狄仁杰拿就拿捏死你的温柔来交换。墨雨和红巾问狄仁杰信中写了什么，狄仁杰却说没什么，并让墨雨和红巾好好照顾蓝凌。狄仁杰可以勘破生死，却始终无法逃出一个情字。当初狄仁杰是为了参加科举才离开药王山庄，造福苍生是狄仁杰的理想。潜龙王现在要狄仁杰在理想和蓝凌的性命中做一个选择，他非常好奇狄仁杰会如何选择。
慕容清被关在大牢里，狄仁杰前去看望慕容清，他跪在地上恳求慕容清告诉他事情的真相。慕容清却说狄仁杰怀疑她，就处决她。狄仁杰没想到慕容清宁愿死也不告诉他真相，这是怪他当年离开药王山庄，所以才这样惩罚他。慕容清解释她能说的已经说了，现在只能同狄仁杰说对不起。
