酵母菌呈椭圆球形，有明显的细胞核和大小不等的液泡。用显微镜观察时，15倍目镜与40倍的物镜组合既可看到。注意，观察时视野不能太亮。
酵母菌的大小约为细菌的10倍，长度不超过100um.由于这个长度还是太小，因此用放大镜看不到酵母菌。
酵母菌是单细胞真核微生物。酵母菌细胞的形态通常有球形、卵圆形、腊肠形、椭圆形、柠檬形或藕节形等。比细菌的单细胞个体要大得多，一般为1~5微米或5~20微米。酵母菌无鞭毛，不能游动。酵母菌具有典型的真核细胞结构，有细胞壁、细胞膜、细胞核、细胞质、液泡、线粒体等，有的还具有微体。
