科学家们仍然无法解释这些鲸鱼“搁浅”的原因，但大多数解释都与它们体内的回声定位系统有关。鲸鱼的眼睛只有小西瓜那么大，视力极度退化。一般只能看到17米以内的物体，与其庞大的身躯极不协调。它们不依靠眼睛来导航、测量和捕食，而是具有高度灵敏的回声测距能力。
它们发出频率范围很宽的超声波，遇到障碍物时反射回来，形成回声。鲸鱼可以根据这种超声波的往返时间准确判断自己与障碍物的距离。
内脏不适，寄生虫，或者系统本身都可能导致回声定位系统失灵，让鲸鱼迷失方向，四处乱跑。
一些科学家还认为，当鲸鱼为了捕食而误入具有水势的温和水域时，一旦潮水退去，它们就会搁浅；但当它们为了抓鱼而游入海湾，向坡度较大的海滩发射超声波时，回声往往误差较大，甚至根本收不到回声，就会迷失方向。鲸鱼是追星族。如果一条鲸鱼冲进沙滩搁浅，其余的就会全力跟随，造成大规模死伤的悲剧。
环境污染也被环保主义者和科学家认为是鲸鱼搁浅的原因。科学家认为，污染海水的化学物质可能会扰乱鲸鱼的感觉。此外，法国拉罗谢尔海洋哺乳动物研究中心副主任科勒德博士认为，军舰的声纳和回声测深仪发出的声波以及水下爆炸的噪音会使鲸鱼的回声定位系统紊乱。
