抗日战争时期，国民革命军有两个第八十六军。但吴的指挥官并不是。
国民革命军第86军(军长何志忠)由贵州第1军组成
这支军队的前身是贵州陆军第25军。1926年7月，千军主力在参加北伐战争后，陆续改编为国民革命军。1927年初，黔军第3师改编为国民革命军第25军，下辖3个师。1934年12月，第25军将其第3师扩编为第121师；1935年5月，第25军由第1师扩编为第103师。1937年，抗日战争全面爆发后，国民党政府为了加强对日军事力量，将25军103师和121师合并为86军。贺治中任军长，行政编制为:103师，贺绍周任师长。121师的吴建平是师长。军队组建后，巩固在湖南平江和长沙。1938年夏，他打通了黄安和湖北麻城，参加了武汉会战。1939年春，撤销陆军番号，所辖121师划归国民革命军第94军，103师编入国民革命军第2军。
国民革命军第86军(军长俞济时、莫、方日英、朱鼎清)由第16师和第67师组成。
这支军队的前身是湘军第8军第2师，1927年2月扩编为国民革命军第35军。1930年，35军第一部改编为16师，原隶属于28军。1938年初，转入国民革命军第70军；军队的前身是国民革命军第18军。1933年，18军11师扩编为67师，仍隶属于18军。1939年6月，为加强华中地区的军事力量，国民政府将第16师、第67师和第10预备师编入第86军，直属国民政府军事委员会。国军第20军副总司令俞济时兼任军长，冯圣法为副军长。何平是十六师师长。第67师，莫于硕为该师师长；蒋准备第10师，任该师师长。军队组建后，在安徽徽州集结整训，参加冬季进攻作战。同年12月，俞济时调任，任命冯圣法为司令员。1940年初，该军隶属国民革命军第32军后，原隶属预备军第10师，后转入国民革命军第10军。3月，调任国民革命军第91军军长后，莫继任军长，唐云山任副军长。此时陆军下辖十六师，曹振铎任师长；第67师，陈以为师。5月，国民革命军第79军第79师转隶第86军，段茂林任师长。
1941年至1942年5月，该军转入国民革命军第十军，先后参加了第二次长沙会战、皖南新四军围攻(即皖南事变)和浙赣会战。1942年5月的浙赣路战役中，十六师师长曹振铎因指挥不力被撤职。同年7月，司令员莫离任后，方日英任司令员，、陈任副司令员。同时，第79师转入国民革命军第88军，暂编第32师，由黄权任师长。1943年7月，部队转入长江上游的河防系统。代司令员方日英调任其他司令员，朱鼎清任司令员，、、任副司令员。这时，第16军奉命与国民革命军第75军第13师交换组织关系，第13师转入陆军。此时，16师奉命改变与75军13师的组织关系，13师转入陆军。该军下辖第13师，有李晶的3个师；67师，罗先达继任师长；暂编第32师，阮琦为师。此后，1945年4月，该军先后参加了鄂西会战、常德会战、湘西会战等。抗日战争中第六战区的建立。1945年6月23日，撤销陆军番号，原辖第13师划归国民革命军第66军，第67审划归国民革命军第30军，临时32师被裁撤。
