公元前338年,秦孝公去世,太子秦惠王即位。公子谦等人痛斥商鞅“谋反”,秦惠王下令逮捕商鞅。商鞅逃到边境,想住在招待所。招待所老板不知道他是商君,见他没带证件,就起诉了商君,没有证件入住的客人会受到处罚。商鞅想去找魏国,魏国以抓了他的儿子为由拒绝他入境。
商鞅回到秦国,被迫潜回封建商贾,发动城兵攻打郑县(今陕西滑县)。秦惠文君发兵进攻,商鞅失败而死。他的尸体被带回咸阳,在那里被肢解并向公众展示。秦惠文君也下令杀了商鞅全家。商鞅虽被杀,新法未废。