《黄帝内经》的核心理论是“天人合一”、“天人感应”。剩下的，气，阴阳，经络等等，其实都是之前理论的整合。《内经》学术体系中的医学理论内容，基本上可以用历代医家对《黄帝内经》内容的分类来概括。分别是表现、诊断、疾病、治疗和养生。此外，它们还包括伦理学的内容和医学伦理的讨论。
《黄帝内经》分为两本书，一本是《黄帝内经素问》，简称《素问》；二、《灵枢经》，简称灵枢。《黄帝内经》中的“素”字可以作为根本解释；“问”就是黄帝问齐伯。明代名医张景岳在《灵枢经》中对“灵枢”一词解释如下:“神之枢，谓之灵枢”。人的阳的本质叫神，阴的本质叫神，意思是说这本书讨论的是“神”和“神”的关键和简明的内容。
据《隋书艺文志》记载，除《黄帝内经》外，还有《黄帝内经》。这两本书是姊妹篇。
简单来说，《内经》把人放在宇宙和自然中进行考察，认为人虽然是万物中最贵的，但也是自然的产物和有机组成部分。因此提出了《论语》“怒达于天”，即人体的生命活动(怒)与自然(天)密切相关，形成了人与自然相互联系、相互制约的整体生命观，比割裂人与自然的医学概念更符合生命活动的客观过程。
《苏文·贞观大论》:“天地之大规，人神之通也。”
《苏文·四气调神》:“人能应四时，天地为父母。”
也就是说，人必须遵循自然规律，所以疾病的防治因时因地因人而异。人与自然的和谐是健康的基础。
受先秦时期气一元论的影响，《内经》认为“气之精”是物质的起源，自然界万物的产生、发展、变化和消亡都是阴阳和气相互作用的结果。
《黄帝内经·真脏玉机论》也说:“天下有数，五色脉变，恒常，道在于一。上帝不能回头，但如果他回头，他就失去了机会。”《内经》据此建立了以整体功能失调为判断核心的疾病观。
另外，《内经》是记载针灸经络理论最早的经典，记载的针灸内容应反映战国至西汉时期针灸实践和理论的发展水平。《内经》中的经络理论是以古代解剖学为基础的，如《灵枢·水镜》说:“十二经脉……夫若八尺长，其皮肉在此，可外测而循，其死可解剖而观。脏腑的坚脆，五脏六腑的大小，谷数，脉长，血浊，气数，十二经脉……都有大数。”
从学术角度看，《内经》从功能、整体、变化三个角度阐释了与人体生命相关的基本规律，是中医思想的集大成之作，对中医流派的形成起到了引领作用，奠定了中医理论的基础，以及临床治疗的思路和方法。
