修建颐和园确实挪用了一部分海军军费，具体数额不详，大约在400万两以下。但最重要的是，修建颐和园的巨额开支给清政府的财政造成了巨大压力，也影响了清政府对海军的投资。
颐和园的修复在1888年正式宣布，但在此之前就已经开始了。慈禧在1891年住进了颐和园，但工程没有完工，一直断断续续进行，所以到底要花多少钱还没有定论。
梁启超在《分危言》一书中提到，马江战败后，清政府筹集了3000万两海军经费，但最后全部用于修缮颐和园。太监王世和在《建陆涛日记》中还提到，修颐和园花费了3000万两。这后来成为慈禧挪用3000万两海军经费修缮颐和园的主要证据。
但需要注意的是，梁启超的说法仅来自他本人。事实上，战后马筹集的所谓3000万两海军经费是不存在的。虽然海军衙门大部分资料在战争中损毁，但按照其成立后一年约3400万元的征收额，扣除拨给南北洋水师和东北训练的款项，实际结余并不多，显然也不太可能再拼凑出3000万元的巨款，因此也不可能挪用这么大一笔钱给颐和园。
事实上，据姜鸣先生考证，海军衙门拨用于修建颐和园的款项约为400万两。由于海军衙门的经费并不都是海军军费，海军军费到底拨了多少还是个疑问。另外，以海防捐赠的名义，实际上还有357.7万元用于园林修缮。严格来说，这笔钱不是给海军的，只是名义上的，所以不能算挪用海军军费。
所以，如果只说海军军费被挪用，那么被挪用的数额肯定不到400万两。
然而，修建颐和园耗资巨大，清政府采取量入为出的政策。一旦家庭资金紧缺，只能砍掉一些开支。因此，翁同龢迫于财政压力，提出了两年不采购军火的建议，这无疑极大地影响了北洋水师的战备。
所以，修建颐和园对北洋海军的实际影响，不仅限于挪用了多少海军开支，还要看对海军开支的筹集产生了多大的影响，这是很难估计的。
