中国科学技术大学是中国科学院直属的优秀大学，国防科技大学是中央军委直属的综合性大学。两个学校都很好，985、211、双一流等光环都差不多，没必要列太多。两所学校的共同点:都是学生人数少的大学，精而强。但是两个学校的毕业生未来的发展路径完全不同，很难说哪一个更好。一个人只能根据个人的价值取向做出选择。
从考试难度来看。中国科学技术大学需要更高的分数。在全国所有高校中，是华东五大的一个档次，是仅次于清华、北大的第二梯队高校。国防科大虽然录取分数线相对较低，但非指挥类专业录取分数线一般与平均分以上的985高校相当，指挥类专业分数线较低，要求考生通过体检和政审。一般高分考生的价值取向在两所学校中更倾向于中国科学技术大学。中国的科技录取比较难。
从毕业生未来发展方向来看。中国科学技术大学研究生比例非常大。2017年研究生总比例达到73.8%，其中出国深造的占28.7%。可以说，进入中国科学技术大学的学生，出国并不太难。中国科技大学主要发展在各种科研、RD和教学单位。国防科技大学学生参军，享受军人待遇。毕业生是包分配的，但是去的单位不一样。指挥专业的毕业生都是基层作战部队，其他专业的毕业生都有一些军事科研单位和作战部队的技术岗位。毕竟是军人身份，对组织安排影响很大，未来发展的个人自主性会少一些。
在学科发展方面，两所大学各有侧重。中科大侧重基础科学和高技术，国防大学是军校。而且还合并了包括指挥学院在内的几个军事院校，很多学科全面发展。而且因为国防科大的特殊性，很难比较真实的学科发展情况。可以说两个学校各有千秋。
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