旗舰店和专卖店有三个区别:
1.不同的含义:
(1)旗舰店的意义:旗舰店是企业适应商业发展需要，参与市场竞争的必然产物，是品牌竞争的有力手段，对企业自身意义重大，对行业发展也能起到示范作用。
(2)专卖店的意义:专卖店可以有效贯彻公司的文化和活动方针，有效提高集团的执行力，突破现代企业普遍面临的管理瓶颈；销售和服务的整合可以创造一个稳定和忠诚的消费群体。
2.不同性质:
(1)旗舰店性质:某一区域某一商家或品牌在某一繁华地段规模最大、同类产品最全、装修最豪华的店铺。
(2)专卖店性质:专营或授权经营某大品牌商品的零售形式。
3.设置时的注意事项不同:
(1)旗舰店设立注意事项:旗舰店选址要考虑商圈，即注意商圈内及周边的人口密度。实例表明，应考虑居住在核心商圈周边一公里范围内的人口数量和购买水平，辐射居住在3~5公里范围内的人口数量和购买水平。旗舰店是指某一品牌在一个城市中规模最大、品种最全的经营门店，或是上市速度最快的专业店或加盟店。
(2)设立专卖店的注意事项:专卖店一般设在繁华的商圈、商店街、百货商场、购物中心；营业面积取决于商品的特性。
注:旗舰店一般指某一品牌在一定范围内最大、最全的门店；一般专卖店是指专门代理一个品牌或一个品类的商店，其经营面积取决于商品的特性。
