清初，崛起的蒙古准格尔在进攻并摧毁叶尔羌汗国后，建立了准格尔汗国。他的大汗戈尔丹野心勃勃，试图重建游牧帝国。1687年，准格尔军队对喀尔喀蒙古各地发动侵略战争，由此拉开了准格尔汗国与清朝长达70余年的争霸战争的序幕。最终，准盖尔人被打败，其成员要么被屠杀，要么被同化，最终消失在历史的长河中。
清军收复西域后，曾被准格尔人劫持为人质的回族宗教领袖大孝和卓在清政府的支持下重获自由，取得了在南疆的统治地位，但双方很快就决裂了。清朝政府认为作为中原，其统治西域的合法性可以追溯到汉唐时期，西域是大清帝国不可分割的一部分。而以大孝和卓为首的回鹘封建主，却把麦加作为自己的精神家园，认为自己属于伊斯兰世界。因此，他们将清朝视为异教国家，拒绝接受其统治，企图重建属于何卓家族的神权统治。
二十二年，大小何卓再一次反叛天山北路之乱。次年二月，清军进入西域，开始平叛。虽然最初因黑水公司的围攻而受挫，但最终赢得了平叛战争。
随着清军平定天山南北之路，中原王朝时隔近10个世纪再次回到帕米尔高原。广大的西域成为“新老新疆”，简称新疆，这就是新疆名称的由来。
狄龙皇帝曾夸下海口，“难道汉唐宋明王朝是被中国的财力耗尽，拿不出大小土地相媲美的！”
平定伊犁投降图
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