如果员工因违反法律法规而被停职，一般只支付基本工资。员工自愿申请停发的，工资全部停发。各单位和部门的相关规定不一致，
什么是「停职检查」？
“停职检查”是许多企业常用的纪律措施。通常情况下，当员工违法违纪时，通过约束其在一定期限内停止工作的方式，要求其自觉反省，改正错误。同时，用人单位将对被停职员工是否继续聘用及其岗位、责任和待遇进行重新考虑和判断。
与其他惩戒措施一样，虽然是用人单位自主经营权的体现，但都涉及员工的劳动权利和报酬。法律法规对此有明确的规范和保障，用人单位需要更加注重依据和尺度。
相关法律法规
原劳动部办公厅《关于办理劳动争议案件若干政策问题的批复》(劳办发〔1994〕322号)第二条规定，企业对被停工、停职检查的职工，其工资、生活费被克扣的问题，应当作出处理。有法律法规的，严格按照相关法律法规执行。没有法律法规依据，是无法扣除停工留薪期或停职检查期间的工资和生活费用的。
《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释(一)》第十九条规定，用人单位根据《劳动法》第四条规定，通过民主程序制定的不违反国家法律、行政法规和政策，并已向劳动者公示的规章制度，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。
结论
由此，用人单位在需要对员工进行停职检查时，首先要明确员工的行为是否构成用人单位依法制定的规章制度规定的“违纪”；其次，纪律处分是否可以按规章制度停薪留职；其次，用人单位要设定明确、固定的期限，“查”的标准、方法和流程，以及复工的条件和时间。
需要指出的是，停薪留职是在一定时期内对员工的一种惩罚。劳资双方的权利和义务暂时中止，但劳动关系仍然存在。
