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阿里巴巴属于全体股东，但阿里巴巴采用合伙人制度，公司所有权和控制权分离，但阿里巴巴的控制权属于合伙人，马云是阿里巴巴的永久合伙人。
阿里巴巴的合伙人制度不参与公司的日常决策。合伙人决定公司的战略、重要的人事任命和其他关键问题。表决时，合伙人各投一票。
阿里的合伙人机制有一个“合伙人委员会”，由马云、蔡崇信、彭蕾、张勇、井贤栋五人组成。该委员会行使两项核心职能，一是负责管理合伙人的选举；二是提出阿里高管的年度奖金分配。
阿里巴巴的合伙人在退休或离开阿里巴巴时，必须同时退出合伙人(永久合伙人除外)。在阿里巴巴，只有马云和蔡崇信有永久合伙人的地位。即使马云卸任阿里巴巴董事局主席，他仍然会为阿里巴巴的战略决策出谋划策。
