《霸王别姬》由赵继平谱曲，李宗盛为主题曲(当爱情过去了)插曲(我不懂)作曲并演唱，中国戏剧学院乐团和中国中央乐团演出。既创造了时代背景，塑造了人物形象，又融合了戏剧、昆曲、流行音乐。可以说，即使是一项创新也是一种挑战。
《霸王别姬》的配乐很经典，但并不复杂。简单来说就是主题音乐，场景音乐，背景音乐而已。即使多种不同类型的音乐在很长的时间跨度内混合在一起，也不会给人杂乱无章、一锅烩的感觉。
影片中大量运用声音蒙太奇中的声画对立，使声音和画面形成鲜明的对象，给人强烈的对比感，从而深化主题，强化戏剧冲突和矛盾。最典型的就是片尾。文化大革命后，程蝶衣和段小楼又见面了。22年后，他们再次同台演出。这首歌结束了，蝶衣和于吉终于走到了同一个终点。浅蓝色的基调配合安静的氛围，营造出一种悲伤的情绪，声音令人振奋。这时背景音乐想起了《歌唱祖国》，极具讽刺意味。比如在菊仙自杀的场景中，画面显示菊仙穿着自己的嫁衣，在一根横梁上上吊，身后是一堆未燃尽的灰烬。然而就在这个时候，音乐想起了样板戏《听奶奶的话，讲革命，英雄悲壮》。
最后，整部电影《霸王别姬》是沉重的，音乐也是。如果说谭盾是中西合璧的典型，James J.S.Wong和Romeo Diaz是对中国武术精髓的理解，那么赵继平的配乐就是对中国传统音乐的理解。从《红高粱》、《大红灯笼高高挂》到《霸王别姬》，无论是历史的沧桑，还是符合地域特色和人物心境的音乐，都把握到了极致。无论是京剧、笛子还是打击乐，都是中国传统乐器的再现，说明赵吉平对传统音乐的理解已经达到了高超的水平。
