按照商业模式分类，跨境电子商务主要有B2B、B2C和C2C模式。
B2B电子商务，即business to business，又称网上批发，是外贸企业通过互联网交换产品、服务和信息的一种商业模式。跨境B2B电子商务企业的最终客户是企业或企业集团。目前，中国跨境电商市场交易中，B2B跨境电商市场占总交易的90%以上，代表企业主要有敦煌网、中国制造、阿里巴巴国际站、环球资源网等。
B2C和C2C跨境电子商务统称为网络零售。B2C，即商家对消费者，是跨境电商企业针对个人消费者开展的网上零售活动。目前，B2C跨境电商在中国整体跨境电商市场中的比重越来越大，代表企业有Milan.com、Dalong.com、全球速卖通、兰亭集势等。
C2C跨境电子商务，即消费者对消费者(Consumer to Consumer)，是从事对外贸易的个人对外国个人消费者进行的网上零售经营活动。目前中国跨境电商出口以B2B和B2C为主，进口以B2C为主。
除了以上三种，F2C跨境电子商务也在兴起。是指FactoryToCustomer，即从工厂到消费者。F2C模式是将产品从加工厂直接送到消费者手中，可以理解为工厂借助网络平台直接销售产品。F2C模式让消费者可以在线下订单给工厂，是B2C模式的升级版。F2C最大的优势是强大的线下产业支撑、有效的全程质量控制和快速的市场反应，这是B2C跨境电商无法比拟的。
