刚果河流经热带雨林气候区,年降水量大,所以河水量大,而尼罗河上游流经热带草原气候区,降水较少,所以河水量相对较小。除了降水,两条河流的支流数量也影响着河流的流量。
尼罗河流经高原,支流不多。到了下游,气候干燥,降水稀少,几乎没有支流流入。而且由于温度较高,水分被强烈蒸发,导致河水水量很少。
刚果河和尼罗河的水量季节变化也有差异。尼罗河水量季节变化很大,而刚果河水量没有明显的季节变化。