哈尔滨市黑龙江省传染病防治医院为省级疫情定点医院，哈尔滨医科大学第一附属医院、哈尔滨医科大学第二附属医院等4家医院为省级储备定点医院。除此之外，还有哈尔滨市传染病医院、哈尔滨市胸科医院两家市级定点医院，以及数十家区级、县级定点医院。
哈尔滨有1家省级疫情定点医院，是黑龙江省传染病防治院。储备疫情省级定点医院有4家，分别是医科大学附属第一医院、哈尔滨医科大学附属第二医院、哈尔滨医科大学附属第四医院和黑龙江省立医院。
哈尔滨市有两家市级定点医院，分别是哈尔滨市传染病医院和哈尔滨市胸科医院。区县级疫情定点医院包括哈尔滨市南岗区人民医院、哈尔滨市道里人民医院、哈尔滨市道外区太平人民医院。
区县级疫情定点医院有平房区人民医院、哈尔滨市呼兰区第一人民医院、哈尔滨市阿城区人民医院、双城区人民医院、哈尔滨市巴彦县人民医院、哈尔滨市宾县人民医院、哈尔滨市方正县人民医院。
哈尔滨的县级医院还有通河县人民医院、五常市人民医院、延寿县人民医院、依兰县人民医院、木兰县人民医院、尚志市人民医院、香坊区人民医院。
